1.原则性规定。《世界贸易组织协定》本身规定，在该协定与任何多边贸易协议(包括诸边贸易协议)条款冲突时，以《世界贸易组织协定》为准。货物贸易规则、服务贸易规则、与贸易有关的知识产权规则，是相互独立、并行的，某一事项可能同时受三类规则的调整。某一项贸易措施受其中一个协议的调整，并不表明因此不受其他协议的支配。就货物贸易规则而言，现有11个货物贸易协议优先于1994年关税与贸易总协定。
2.具体适用时的关系。在争端解决的实践中，在涉及不同协议、不同规定的相互关系时，争端解决机构总是遵循协调一致的解释方法，认为每一协议/每一规定都是世界贸易组织协定这一条约的不可分割的组成部分，应共同适用、累积适用。世界贸易组织协定及其附件是由相同的谈判方在同一谈判中达成的“一揽子”协议，应推定相互之间不存在冲突。
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