说到关中书院，先要说关中书院的创始人――冯从吾。 冯从吾（1556―1627）字仲好，号少墟，明长安人（今西安市）。万历十六年（1588）中举，翌年中进士，官至工部尚书。他尊承孔孟之道，通宋明理学，是明朝末年享誉全国的关中大儒和理学家，也是“关中学派”承前启后的关键人物。居今看来，冯从吾首先是一位潜心学问、心地纯正的学者，其次才是位列庙堂的达官鸿吏。他性情耿直，为官清正，嫉恶如仇。他甚至不惜身家性命，指斥神宗皇帝朱翊钧沉溺酒色，荒疏朝政。“陛下每夕必饮，每饮必醉，每醉必怒，左右一言稍违，辄毙杖下”（《明史?卷243?列传131冯从吾》），为此惹得龙颜大怒，传旨廷杖侍候。适逢太后寿辰，又有大学士赵志皋等竭力求情，方幸免于难。时间不长，便以病辞官归养长安故里，与学者萧茂才等于宝庆寺讲学著书，写成《疑思录》六卷。三年后再被起用，于河南长芦（今河北、山东交界地带），负责盐政。矢志报国的冯从吾仍然初衷不改，兴利除弊，整治税务，下重手打击不法商贾。无奈官商勾结，利害相关，再加上朝中旧怨，在里外构陷的环境下，他再次被罢官回归长安。
这次归来后，冯从吾对当朝的冀望似已幻灭，“躲进小楼成一统，管他春夏与秋冬”。他身居斗室，潜心学问，足不出户九年之久。在这其间，他除继续研阅《四书》、《五经》等儒家经典外，精心梳理濂（周敦颐）、洛（程颢、程颐）、关（张载）、闽（朱熹）、王（王阳明）之学，尊宗探源，辨析异同，多有发明，间或去宝庆寺讲学。由于冯从吾官德声震朝野，学问精深过人，从学者门庭若市，小小寺院已不堪容纳，“关中书院”的前身――关中首善书院便应运而生，于宝庆寺东边另立门户，时值万历三十七年（1609），后来易名为关中书院。当时的书院建筑规模宏大，中间讲堂6间总名“允执堂”。“允执”一词，最早出自《论语?尧曰》：“天之历数在尔躬，允执其中”。从语义学角度讲，这是一个倒装句。允者诚信也；执者执着不二之谓也；中者不偏不倚，是为中庸之道也。全句的意蕴在于，只有真诚信守儒家的中庸之道，帝王的统治就犹如岁时节气的更易那样自然而然，天经地义。关中书院取“允执”二字名堂，不仅寓意坚持儒家的中庸思想，更暗合关中之名。左右南屋4间，东西号房6间。讲堂后边有假山，“山峰耸翠”，宛如一小岳。讲堂前半亩方塘，竖亭于中，砌石为桥。书院门有两重，大门二楹，二门四楹，郡丞刘孟直所书“八景诗”以壮其观，学者王大智书隶体为书院门提名。
明朝末年皇室腐败荒淫，疏于朝政，致使皇权旁落，皇帝成了宦官手中的玩偶。加之宫庭深深，皇帝短命，皇权更替频仍。当明神宗朱翊钧呜呼哀哉后，明光宗朱常洛即位，再授冯从吾廷尉等职，他坚辞不就。不久明熹宗朱由校即位，再授冯从吾左都御史之职，召其进京。忧时愤世，兼济天下之心未泯的冯从吾，抱着“挽狂澜于既倒”的幻想，再次进京赴任。可惜“前度刘郎今又来”，面临的却是明王朝风雨飘摇，独木难支的现实，加之阉党魏忠贤一伙的夹击排挤，“只恨无才补苍天”的冯从吾，壮志难酬，带着内心诸多的无奈和隐痛，再次重操旧业，与邹元标、钟龙源等名流相约到北京城隍庙讲学，并创办首善书院。本想虽不受用于当朝，书卷余生，以期昭示后学，申明“治国平天下”之大义，以唤醒人臣志士之心，可最终逃不过阉党的政治迫害。首善书院被查封捣毁，讲学终废。冯从吾再次满怀愤懑和对朝政的失望，怆然西归长安。是时，年事已高的冯从吾，从此深居简出，著书立说。唯逢每月初一、十一、二十一日，定期讲学于关中书院。经历宦海浮沉，每每如履薄冰。可尽管冯从吾颇费苦心地畅明会讲内容：“勿及朝廷利害，边报差除，及官长贤否，政事得失；毋及各人家门私事与众人所作过失，及词讼请托等事、亵狎戏谑等语。其言当以纲常伦理为主，其书以《四书》、《五经》、《性理》、《通鉴》、《小学》、《近思录》为主。”试图逃避宦官政治的残害，但最终也未能逃出阉党魏忠贤的魔掌。把持朝政的阉党集团，借着镇压东林书院的余威，顺势诋毁并加罪关中书院。天启六年（1626），熹宗皇帝一道圣旨：“一切书院俱著拆毁”。时任陕西巡抚的乔应甲，倚仗魏忠贤的宠信，滥施淫威，于同年十二月将关中书院捣毁，并将儒家宗师孔子塑像“掷之城隅”。一代大儒面对如此奇耻大辱，人何以堪？！风烛残年的冯从吾羞愤交加，以绝食相抗争，终因年迈体弱，饮恨而逝，享年七十一岁。关中书院从此元气大伤。崇祯元年（1628），明毅宗朱由检即位后，朝野清算阉党魏忠贤党羽，酝酿为冯从吾昭雪平反。崇祯二年（1629）,毅宗皇帝追任冯从吾光禄大夫、太子少保，谥“恭定”，同时下令修复关中书院。崇祯五年（1632），关中书院在冯从吾含冤去世六年后，再次修葺一新，并将冯从吾的牌位供奉于书院的师道中天阁内。
明朝末年到清朝初年，战争频频，烽火连天，关中书院士子学人四散，在“战争的洗礼”中，关中书院一度成了官府囤积弹药的库房，几近废弛毁坏，败落不堪。一直到清朝康熙五年（1666），时任陕西巡抚贾汉复令西安知府叶承桃、长安知县黄家鼎在宝庆寺旁的小悉园重建关中书院。扩建了院址，增设东廊，作为讲学先生的寓所，并设西圃，作为学生的休憩之场所。在允执堂后又建“精一堂”五楹。何谓“精一”，取自被宋代儒统学者推尊为个人修养和治国最高准则的“十六字心传”，即“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中。”“人心”代表形而下的诸种物欲，稍事放纵则危险从焉；“道心”代表着形而上的传统伦理道德准则，它在人的行为方式中发挥着微妙作用。只有精心慎察此二者之间的变化，从而使“道心”彰显，方能使“人心”听命于“道心”，达到“危者安，微者著”，合乎中庸之道所谓过犹不及的要求。“精一”者，省察“人心”，惟守“道心”，不二法门，是对书院弟子们修身养道的一种目标和期望。另外还建左右肋堂及两厢各五楹，并将书院大门由西向改为向南开，始建“关中书院”牌坊，使书院规模空前，一度成为督学使署。大约七年之后，康熙十二年（1673），总督鄂善复修关中书院。志不事清，终以倡明关学为己任的关中大儒李?（号二曲先生），经再三邀请，就聘主持关中书院。其登台讲学时，“德绅明贤，进士举贡，文学子衿之众，环阶席而侍，听者几千人”，连总督鄂善和陕西巡抚阿席熙也前来听讲。自冯从吾之后关中书院再度复兴，后来随着李?离开书院，关中书院复又日趋衰落。
乾隆三十六年（1771），陕西巡抚毕沅到任后，认为关中书院关乎风习教化，下令对书院大加修整，并延请江宁进士戴祖启主持院务。戴祖启走马上任，整顿书院教务，加强教学管理，使书院学子盈门，再度兴盛。但好景不长，随着太平天国农民军、捻军与清军展开了军事相持阶段，长江南北战事连年。清朝统治者已无暇顾及文化教育事宜，关中书院又一次衰落。光绪七年（1881），时任陕西巡抚冯誉骥又一次下令整修关中书院，书院的功能有所恢复。数年之后，按察使黄彭年与布政使曾和联手，进一步整顿书院，使书院从人事管理到学生管理、图书资料建设等均得以加强，教学与学术声望显著提高。四十余年后，清光绪三十二年（1906），关中书院因兴新学，创办“两级师范学堂”，再度修葺一新。院内房屋总计370余间，书院占地130多亩。旋即改建陕西师范大学堂，时为西北五省最高学府。民国初年改为省立师范学校，直到1949年解放。
今天，当我们穿过书院门街口牌楼，来到书院门街中段北顾，“庭院深深深几许”。尽管在历史的变迁中几经衰荣，而关中书院有幸格局未变，三重院落依然，楼阁整齐。其间古树参差，现为西安师范学校所在地，依旧书声朗朗。总览其布局，头道门是白色石雕牌坊，正中“关中书院”四个隶书大字，古拙中似有汉代遗风。二道门是过廊洞，上有“尚法”、“崇文”刻字，下面有明代文人顾宪成为无锡东林书院所作的那幅著名楹联：
风声雨声读书声声声入耳
家事国事天下事事事关心
从明万历三十七年（1609）关中书院创立，到光绪九年（1903）易名为陕西第一师范大学堂为止，书院在风风雨雨中走过了明、清两个历史朝代，历时294载。数百年来，书院尽管屡遭劫难，但一代代名师高足薪火相传，青史留名，芳泽承续，极大地丰富了陕西乃至西北的人文历史。
明代在关中书院讲学的除冯从吾外，后续的著名学者有：
周淑远，名传诵，西安府人，万历进士。官至湖广左布政使，忠于职守，抗暴佑良，曾因“忤逆宦官苛捐杂税坑民”，被下大狱，是为直臣。晚年讲学关中书院，差不多与冯从吾齐名。著述有《西游漫言草》传世；
龙遇奇，字才卿，江西吉安人。官至监察御史，以学识渊博，被士林推尊为“理学真儒”。在巡抚陕西时，曾被延聘讲学关中书院，听众云集，著有《圣学启关臆说》，冯从吾为其作序，赞许其著是“以性为宗”的“指南”；
萧辉之，名耀，长安人。虽非进士出身，但于理学有专攻，受冯从吾荐聘讲学关中书院。其言行相顾，品操高古，生员甚为信服。可惜英年早逝，死时年方42岁。
在诸多名师的指点教化下，明代由关中书院培养出来的高足大才，《明史》有传，名垂史册的有：
焦渊博，字涵一，明万历进士，陕西三原人，官至御史。天启年间，对明庭“梃击”、“红丸”、“移官”三案据理疏辨，声震朝野；
祝万龄，明万历进士，陕西咸宁人，累官保定知府。天启年间，因直斥阉党魏忠贤捣毁全国书院，被罢官。崇祯初，知黄州，曾讲学惠定书院，人称“关西夫子”。
在有清一朝，关中书院更是名师迭连，高徒辈出。著名学者有：
李?，字中孚，号二曲，陕西周至县人。“艰苦力学，无师自成”，为名满天下的大学者顾炎武所推崇。志不事清称臣，纵皇命有所不从，遗世独立。康熙十二年（1673），应陕西巡抚鄂善之聘讲学关中书院。力反口头圣贤，纸上道学；倡扬“明体适用”之学。著述有《二曲集》等；
史复斋，名调，字自五，号复斋，陕西华阴县人。潜心经史，绝意仕进，重人品，辨义利，以悟道践行为要，隐居华岳云台观二十余载，授徒讲学，后被延聘讲学关中书院。其著述有《志学要言》、《镜古篇》、《语录》等；
戴祖启，字效诚，别字东田，号未堂，安徽人。乾隆年间进士。学宗宋儒，笃志经籍，官至国子监学正。经陕西巡抚毕沅聘请，任关中书院主讲。著作有《尚书涉经》、《春秋测义》、《史记协议》等；
孙酉峰，名景烈，字孟杨，陕西武功人。进士出身，授检讨，不久告归，以教书育人为务，先后主讲于明道、关中书院，以在关中书院讲学的时间最长，被誉为“当世无双”。其著作有《讲义课解》、《删定对山集》及《合阳县志》等；
路德，字润生，别号鹭州，陕西周至终南镇人。嘉庆十四年（1809）年进士，工诗文书画，因眼疾辞官告归。眼疾治愈，先后讲学于关中书院和三原宏道等书院，曾任关中书院山长。治学严谨，尤以讲授制举业而驰名。其著《柽华馆集》一书，不仅风行国内，当时朝鲜、安南、琉球和俄罗斯等邦国赴京朝贡者，亦争相求购，奉为至宝；
柏景伟，字子俊，号忍庵，陕西长安人。咸丰五年（1855）举人，曾被左宗棠聘为随军参谋。后辞归故里，于终南山南五台竹林寺闭门读书，潜心经史。其学宗张横渠（载），以振兴关学为己任。受聘于味经和关中书院主讲。立人重立德，于经学之外，增设算学、时务、格物等新课程，为近代三秦造就了不少人才。
名师出高徒。清代曾受业关中书院的知名学者更是不乏其人。他们是殿试魁首，清朝开国以后陕西第一个状元王杰（陕西韩城人）；乾隆年间进士、官至吏部的王零川（陕西临潼县人）；嘉庆年间进士，官至东阁大学士，鸦片战争时期，主战尸谏道光皇帝的名相王鼎（陕西蒲城人）；道光年间进士，官至东阁大学士，立身刚直的阎敬铭（陕西朝邑人）；绝意仕进，有着“南康（有为）北刘（古愚）”之美誉，力主变法维新，教育救国的刘光贲（陕西咸阳人）；同治年间进士，官至总理各国时务衙门大臣、军机大臣，执法如山，最终做了清廷崇洋媚外牺牲品的赵舒翘（陕西长安县人）；光绪年间进士，维新派志士，被誉为“关学宗传”人物之一的宋伯鲁（陕西礼泉人）；以及肄业关中书院，妇孺皆知，学问淹通，终生不务虚名，立身教育，驰名三秦的“牛才子”牛兆濂（陕西蓝田县人）；关中书院肄业，承前启后，以救国救民为己任的国民党元老于右任（陕西三原县人）等等。他们都是值得陕西人骄傲的历史代表人物。这些明、清精粹，均在当时当代，为弘扬关学的实学精神，躬身践行儒家义理，以及在个人修身致仕、事功治事方面做出了永垂史册的贡献。
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