由于龙头石水电站先于大岗山水电站建成发电，因此大岗山水电站坝下即为龙头石库区，由于大岗山水库为日调节运行，不会改变龙头石水库入库径流的年际、年内和月内水量分配，大岗山电站与龙头石水电站联合运行对系统进行日调节，龙头石水库及坝下河段水文情势受龙头石水电站日调节运行控制。
根据《四川省大渡河龙头石水电站环境影响报告书》，“龙头石水电站在非汛期日调节期间采取单台机组带基荷运行的方式下泄生态流量。在此期间，单台机组基荷(保证率为45%)为78 MW，发电引用流量(即下泄流量)为165.4 m3/s.可完全保证下游生态用水要求。”