农产品增值税进项税额核定抵扣操作实例 财政部、国家税务总局联合发布了《关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税[2012]38号），决定自2013年7月1日起，在部分行业开展农产品增值税进项税额核定扣除试点，涉及以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油行业。值得纳税人关注的是，该通知除试点纳税人购进农产品增值税进项税额实施核定扣除办法，不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额外，扣除率也发生了重大变化，将农产品进项税额扣除率由现行的13%修改为纳税人再销售时货物的适用税率，即纳税人销售的货物适用13%税率的，则扣除率为13%，纳税人销售的货物适用17%税率的，则扣除率为17%. 现行增值税基本税率为17%，农产品适用税率为13%，是国家对农产品的优惠税率。以用农产品为原料，生产加工17%适用税率的货物为例，如果原料扣除税率为17%，则4%的优惠就得以享受；
如果原料扣除税率为13%，就享受不到这种优惠，相当于上一环节的优惠被下一加工环节给补了回去，使得农产品加工企业增值税实际税率高于其他工业企业17%的税率。这就是常说的'高征低扣“。
为了消除这种影响，财税[2012]38号文件实施前，农产品增值税抵扣政策采取的一种隐性财政补贴的方式，允许增值税一般纳税人购进免税农产品或从小规模纳税人手中购进的农产品，可凭普通发票作为抵扣凭证，按照购买价和13%的扣除率计算进项税额，即以购买价直接乘以13%的扣除率计算，而不是将购买价按含税货物价税分离后，乘以13%的适用税率计算。以增加企业的增值税扣除额，消除高征低扣对加工环节的税收影响。当然，消除高征低扣只是隐性财政补贴的对象之一，下面的案例能说明这个问题。
案例1 某产品的销售价格是100元/件，原料成本是65元/件。这里的原料成本进项税额假设有两种计算方法：第一，以适用税率13%按含税价格计算，每件产品应缴纳增值税额为9.53元（100×17%－65÷1.13×13%）；
第二，以扣除率13%计算，每件产品应缴纳增值税额为8.55元（100×17%－65×13%）。以年实现销售60万件产品计算，用扣除率13%计算的进项税额可消除高征低扣产生的影响58.8万元[60万件×（9.53－8.55）×100%]. 从上例可以看出，隐性财政补贴的税收政策，消除了一部分高征低扣对企业的税收影响，但同时造成了另一种不合理的进、销项税额倒挂现象，使得这种隐性财政补贴违背了立法的初衷。
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