后该校停办，吴晗又前往上海，考入中国公学，胡适此时正是该校校长。从此，他与胡适结下不解之缘。 进入中国公学，吴晗即成为胡适门生，不久他就写下《西汉的经济状况》一文，深得胡适赞赏。
不久，胡适离开中国公学，吴晗追随北上，于1930年8月来到北平，经人介绍，由顾颉刚安排在燕京大学图书馆做馆员。此间，他写下《胡应麟年谱》，成为他正式研究明史的开端。吴晗再度为此写信讨教胡适，胡适在收到吴晗信的第二天即给吴晗回信，对其作品大家赞赏，并约吴晗“星期有暇请来谈”。从此，吴晗成为胡适的私淑弟子。
吴晗未入北大的原因是他偏科严重，入学考试需考文史、英文和数学三门功课，在参加北大考试时，文史、英语均得满分，而数学竟然考了零分。按北大新生录取规定，有一门零分是不得录取的。随后他改投清华，得到的是同样成绩：文史、英文满分，数学零分。但清华却网开一面，以文史成绩特别优异为由，破格录取了吴晗。
吴晗进入清华时，家遭基本败落，胡适对这位弟子青睐有加，吴晗录取后没几天，就给清华代理校长翁文灏和教务长张子高写信，请他们给吴晗―个工读的机会。
吴晗作为清华学子，全面师法的却是胡适――这位北大先生的治学方法。胡适在给吴晗信件中，对这名弟子进行了多方面指导，并要求吴晗：“治明史不是要你做一部新明史，只是要你训练自己做―个能整理明代资料的学者。”吴晗则表示：“光耀所及，四面八方都是坦途。”可见胡适对他的影响之深。
上世纪三十年代，中国有着动荡中的平安，其大事为1931年9月18日爆发的“九一八事变”，张学良所辖东三省沦陷，以致群情激忿，吴晗显然是―个爱国者，他积极支持同学们的请愿活动，自己却未厕身其间，但他毕竟是血气方刚的热血青年，在1932年1月30日给胡适信中尖刻指责当局：“翻开任何国任何朝代的历史来看，找不出这样一个卑鄙无耻丧心病狂的政府。”并在信中希望“先生也同样地予以解决的方法并指示一条应走的路”。
胡适没有回答。他于1932年6月27日发表《赠与今年的大学毕业生》―文，继续倡导‘科学救国”的理念，但胡适在“药方”中同时要求学生们“总得有一点信心”。胡适是一位政治家，也是一位思想家和历史学家，他的眼光具有远大的历史性，可在那特定时代，又有几人能够接受?
有着胡适的关照，吴晗在清华兼职工读。待遇颇为优厚，足够满足他求学之需，他始终把胡适视为“恩师”，并承认“受胡适之极深的影响，治学钻到考据的牛角尖里去。吴晗毕业时在自己的毕业照上题写着胡适的名言：“大胆的假设，小心的求证。少说些空话，多读些好书。”
吴晗真是做史学的料，聪慧勤奋，再加恩师胡适教诲，他在清华求学期间便写下《胡惟庸党案考》《明代靖难之役与国都北迁》《明代之农民》等一批相当有见地、在史学界有较大影响的文章。
1934年吴晗清华毕业留校任教，开设明史和明代社会等课目，其影响直追陈寅恪、张荫麟这些史学大家。
婚姻与革命
正逢其时，年轻有为的吴晗开始了自己的婚恋生活，他结识了清华女学长袁震。如果说胡适对吴晗的影响主要是学术上的，那么袁震不仅有学术上，更有思想上的，她的影响比胡适更为深远和有力。胡适的经年教诲被一场轰轰烈烈的爱情打得落花流水。
在我看来，胡适在中国倡导的是一场观念的革命：民主、自由、宪政、宽容，需要在一个相当长时期内才能普及全民。而此时中国内忧外患，虎狼环伺，吴晗年轻，一腔爱国热情是等不及的。
袁震在湖北女子师范时乃董必武学生，中共早期党员，因离乱与组织失去联系。考入清华历史系，却因罹患肺结核长期卧床，她的老师吴之椿、同学梁方仲先后照料她，后因职业变换，他们又委托已是清华教师的吴晗照料袁震，一来二去，便生出几多情嗉，两人变成了情侣。
袁震在病榻之上与吴晗多有思想交流，她能考取清华历史系，说明她学力不浅，又接受了马克思主义的观念，对吴晗所具有的“胡适史观”很不以为然，她取笑吴晗：“怎么老是在胡适面前矮三尺呢?”吴晗则答：“我在袁震面前就矮一丈了。”足见吴晗对袁震的倾心。后来吴晗承认：“袁震对我倾向党、倾向革命、皈依马列主义起了很大作用。”
袁震重病在床，又比吴晗年长3岁，如此恋情是要遭到吴晗家庭反对的。不过，爱情总是法力无边，吴晗抗拒了各方压力，袁震也病体渐愈，终与吴晗于1939年10月在云南结为夫妇。
1937年7月7日卢沟桥事变，抗战全面爆发。两个月后，吴晗应云南大学校长熊庆来邀请南下云南成为历史教授，此时吴晗年仅28岁。
抗战爆发，由北大、清华、南开等组成的临时学校西南联大亦南下建立，1940年，在云南大学呆了近三年的吴晗重回母校，吴晗的思想开始全面左转。此时，正值国难当头，国民政府官员的腐败传闻被宣传得沸沸扬扬，诸如孔祥熙用飞机抢运私产、带狗上飞机之类的消息铺天盖地，而中共组织则利用“云南王”龙云与蒋介石的矛盾在西南联大四处活动，鼓动师生反蒋，并与吴晗多有接触。国难、贫困、艰辛、腐败传闻交织在一起，加上吴晗好友张荫麟教授因肾病不治去世，这些账一股脑儿都算到国民政府头上。1943年7月吴晗加入民盟，并开始全面抛弃胡适的“读书救国”论。至此，吴晗从一名历史学家变身为社会活动家，在中共组织的支持下，积极投身各种反蒋活动，其态度越来越尖锐，对国民政府批判越来越激烈。查吴晗的著作年表，自此以后，他再也没写出一部像样的史学著作。
他选择了左翼道路，便开始抨击胡适的“读书救国”论：“长一辈的上一时代某些青年呢?却脑满肠肥，装作笑脸劝导着‘稍安勿躁!国事我们自有办法，青年还是读书第一，不必受人利用’。”
吴晗怀有一颗强烈的爱国之心，这是毫无疑问的，但他是否同时还拥有―颗敏锐的政治头脑?这又是要大加疑问的。他作为一个大知识分子、历史学家，应该认识到，尽管中国积贫积弱，备受欺凌，但毕竟已处现代化前夜，要进入现代社会，必须要采用现代化的社会组织、管理方式，循序渐进，怎么还能寄托于古代的那些除暴安良的英雄豪杰、包公式的清官以治世呢?
正如他写《朱元璋传》前后观念的变化一样，在1943年该书叫《由僧钵到皇权》时，走的几乎是“影射史学”的路子，用以影射蒋介石；而到了六十年代的《朱元璋传》又成了“命题史学”，把朱元璋对胡惟庸、蓝玉的杀伐化约为“统治阶级内部矛盾”。如此述史，叫人如何信服?
爱国民主教授
吴晗在西南联大期间与闻一多、李公朴多次组织了反蒋活动，特别在经历1945年的“一二一”事件后，他的政治信念更加明确和坚定，成为著名的民主爱国教授。他甚至还获得一个“吴晗诺夫”的外号。 抗战结束。1946年5月西南联大解散，吴晗前往E海。在上海期间，听到李公朴、闻一多先后被暗杀的噩 耗，深陷挚友之死的巨大悲痛中l，吴晗怒不可遏，写下一系列文章痛斥独裁、专制、暗杀的罪恶行径。
在7月17日和18日晚上两次在张君劢住处见到了周恩来，这对吴晗更是巨大鼓舞她与中共的关系更加密切。
回到清华后，吴晗担任民盟北平市支部主委，更多地是宣传中共政治主张，许多知名教授都受其影响，思想渐渐左转，其中受影响最大的是朱自清，一个不问政事的教授，也参加了各种反蒋反美的通电、签名等活动。
吴晗此时已成中共信赖的朋友，他承担起部分中共地下工作，地下党也在经费上予以一定的支持。他偷偷收听中共解放区的新闻广播，记录以后传抄，油印、散发，扩大中共的影响。
由于他活动频繁，引起国民党当局注意，上了被抓捕名单，经地下党安排，于1948年1 1月来到河北西柏坡中共中央所在地，先后受到周恩来、毛泽东的接待。初到解放区的吴晗并不习惯“专政”、“万岁”这些铺天盖地的标语口号，但渐渐被周边气氛所感染，不久就心悦臣服地接受了。
1946年他在上海时，恰好胡适也在上海，吴晗曾致信求见，胡适未予理睬。回北平后，吴晗再度拜访胡适，胡适依然旧时胡适，但吴晗却早已不是求学时的吴晗了。两人话不投机，不欢而散，吴晗后来提及此事时说：“联大从昆明搬回北平后，我做胡适工作，可是他顽固不化，我的脚就不再踏上他家的客厅了。”当胡适得知吴晗去向后。不由长叹：“吴晗可惜，走错路了。”是耶?非耶?这就让历史作答吧。
吴副市长
1949年1月31日，北平和平交接，吴晗随后受中共委托，以军管会代表身份先后接管了北大、清华，并担任了清华大学历史系主任、文学院长、校务委员会副主任等职。1949年10月1日，政权鼎革，吴晗参加了“开国大典”。随后，于11月前往苏联参加十月革命三十二周年纪念活动，途中，他在自己完全不知情的情况下“当选“为北京市副市长。吴晗毕竟是学者，得知这一消息，立即打电报给周恩来，表示不愿接受，希望能继续明史研究。归国后，在周恩来的劝慰下，他成为主管文教的北京市副市长。
在担任北京市副市长期间，吴晗念念不忘其本，他主持出版了《国榷》，主持了《资治通鉴》的标点和《历代舆地图》的改绘等工作，这都是史学界的重大工程。尤其是在定陵的发掘问题上――不能不说这与他个人兴趣有很大关联，他甚至有全面发掘十三陵的想法，但遭到了郑振铎、夏鼐的坚决反对，他们在发掘完定陵后向周恩来直接建议，短期内不要再开挖帝王陵墓，周恩来同意了这个建议，吴晗也只好作罢。而在北京古代建筑的拆毁上，吴晗也是积极支持者。不能不说，吴晗在相当程度上丢失了一个史学家的本分。
早在1948年吴晗与毛泽东初会时便提出入党要求，1949年1月，毛泽东回信表示同意，但“实行时机尚值得研究”，并请周恩来与之面谈。这一‘研究”，就研究了八年之久。1954年吴晗给彭真写信，再度提出这个问题，他谦卑地表示：“过去几年，我没有偷懒，相反是忙乱。每天都很疲倦……参加了许多工作，也用了心，也用了力。但是从来不知道哪些是做对了，哪些是做错了。也没人告诉我，做对的总结下去，再深入搞。做错了，为什么错，如何改正。”吴晗在信中表态将“努力工作，只要不死，总有一天会达到。”
也难怪毛泽东对吴晗不放心，1954年10月，由批判俞平伯《红楼梦研究》而引发的对胡适思想的批判，思想文化界的名流大多数都表了态，罗隆基、许德珩、茅盾、郭沫若、顾颉刚、冯友兰、金岳霖、钱端升、游国恩、王家楫等人纷纷投入到对胡适批判中，而深受胡适影响的吴晗则一言不发，没有写下―个字。后来，这成为他的一条罪状。
在吴晗多次要求下，直到1957年3月他才正式加入中共组织。刚入党的吴晗满面春风、意气风发，对毛泽东的态度也早由崇拜而迷信。他入党可谓“恰逢其时”，数月之后，“引蛇出洞”的反右运动到来。此时吴晗哪甘落入舌?他积极投身运动，7月7日，他在全国一届人大四次会议上作了((我愤恨，我控诉!》的长篇报告，报告措辞尖锐、声色俱厉地批判了章伯钧、罗隆基这些民盟的老上级、老朋友，吴晗控诉这个所谓的章罗联盟：“章伯钧、罗隆基的反党、反社会主义活动是一贯的，有组织、有部署、有计划、有策略、有最终目的，并且还和各方面的反动分子有配合，异曲同工，互相呼应。”报告最后说：‘他们是一伙人民凶恶的敌人!”报告不仅严厉，而且还言过其实地点了一大批人的名字。
此时的吴晗充满激情，在批判章罗同盟的大会上，取出1948年罗隆基让他转交在港民盟领导人的密信，这封信的内容要求香港民盟坚持民盟自主，不接受中共的领导。黄裳认为：“这一揭发给罗以最沉重的打击，也是人们认为吴晗整人手段狠辣的一例。”吴晗还揭发章伯钧，“在1951年五一节，在天安门城楼上和我说，只要我们两人合作，事情就好办。我置之不理。”如此揭露，令人心惊胆战。一副左爷形象冉冉升起，伤害了不少人。
反右结束，吴晗成为民盟中央副主席。
遭遇文革
但“极左”的吴晗并没有领会“极左”的真谛，他的“左”不过是对“党”的倾身倾心，对毛泽东的盲目崇拜和迷信，并在这种迷信中自我的彻底丧失。从《朱元璋传》的修改经历即可看出，他并不知道毛泽东到底要什么，到底要达至0如何目的，非但一无所知，而且永远也无法领会。
《朱元璋传》有多个版本，最初的底本就是民国时期所著的《由僧钵到皇权》，基础材料相当扎实，但影射色彩相当明显。到1954年的油印版《朱元璋传》时，毛泽东曾读过，指出：“朱元璋是农民起义领袖，应该写得好点，不要写那么坏。”并且在给吴晗信中指出“在方法问题上，先生似尚未完全接受历史唯物主义作为观察历史的方法论。”其实，这是个委婉而严重的结论。但到底如何才能“写得好点”?吴晗百思不得其解，经过大量材料实证，虽然在性质上肯定了朱元璋晚年的杀戮行为，进行了正面评价，但材料上却把朱元璋越写越坏，因为资料越多，朱元璋的残暴就被揭示得越多，吴晗最后也不得不指出朱元璋的残暴――他根本不知道，秦始皇、朱元璋才是毛泽东心仪的帝王。而毛泽东之所以犯下重大错误，与他的历史观、价值观有着重大关联。
最后一版《朱元璋传》出版于1965年4月，刚一出版，立刻遭到江青的指责，说吴晗是为了稿费，为了要名，并要对该书进行批判――吴晗根本不知道的是，江青此时已经根据毛泽东指示，在上海组织人马批判吴晗的剧本《海瑞罢官》――塞就是1965年11月10日《文汇报》发表的姚文元文章《评新编历史剧》，吴晗此时出版该书，简直就是往枪口上撞。
姚文元的文章出笼后，虽然引起相当不满，但并未引起重视，一方面姚文元本人此时影响不大，另外，刊登此文的《文汇报》归上海地方管辖，对大多数人来说，此文属“来历不明”，北京市委对这种毫无由来的攻击，当然不会转载。这时，谁知道文章背后真正的操纵者是毛泽东呢?
由于没有引起反响，毛泽东利用江青等，采用各种手段逼北京表态，并给吴晗定性为“反党反社会主义”，无奈之下，《北京日报》于11月29日，《人民日报》于30日予以转载。由此，对吴晗《海瑞罢官》的批判渐成全国事件，并且扩大、蔓延、尖锐起来。到1966年3月，毛泽东则多次“号召地方造反，向中央进攻”。而吴晗在毛泽东眼里，已经从最初的“辰伯先生”到后来的“吴晗同志”变成了“反共老手”。随后，报纸开始连篇累牍地发表文章批判吴晗，调子不断升级。1968年3月吴晗被捕入狱，1969年10月11日被迫害致死。妻子袁震也于1969年3月18日被迫害致死；养女吴小彦于1976年9月23日在狱中自杀身亡。
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