智库的数量越来越多，对现代公共决策及社会发展的影响也越来越大。中国智库的繁荣和提升，需要破解如下难题。 一、如何尽快改革“谋”与“断”不分的政府决策体制。这种决策体制往往会导致政策研究机构不断膨胀、决策成本持续攀升等现象的产生；政策研究机构对事关战略利益的探索性课题鲜有主动研究，所提供的研究结论也往往缺乏科学性、客观性。传统的集“谋”和“断”于一身的政府决策及政策研究体制不改革，现代意义上的智库就没有生存和发展壮大的空间。
二、如何正式确立智库参与政府决策咨询的制度性框架。中国尚无明确统一的法律、法规来规范政府决策中的咨询环节，这是影响智库发展壮大的制度性障碍。对如何确保和不断提升智库自身的综合实力，也没有建立起相应的社会意识及制度，不利于智库行业自律和优胜劣汰竞争法则的形成，致使决策咨询的质量和效益难以得到制度性保障。
三、如何营造“体制外”智库与“体制内”智库公平竞争的制度环境。“体制内”智库，吃财政饭，与决策者有着密切的关系，基本上垄断了政府决策研究及话语权；“体制外”智库，虽有较强的自主性和独立性，但整体上非常弱小。由于“官本位”思想的影响，官方及社会对民间的“体制外”智库有一种歧视、排斥和不信任心理，导致“体制内”智库一支独大。
四、如何建立以研究项目为纽带、以决策服务为导向的互动合作机制。一切为了“问题及对策”的研究，智库善于招募各路精英，在不同的社会体之间搭建互动合作的桥梁和平台。然而，从我国现实情况看，智库在这方面的意识和行为能力都比较弱，致使决策研究力量分散，从而影响了智库的国际竞争力和整体发展水平。
以上难题的形成，既有对智库的认识及理论问题，更有培育发展智库的体制机制问题。由此，难题的破解首先在于解放思想、提高认识，其次在于创新体制与机制，确保制度供给。