自2001年国库集中收付制度改革试点以来，随着改革的不断深化，地方财政资金管理科学化、精细化水平进一步增强，有力促进了财政资金使用效益的大幅提高。 一、国库集中收付对提高财政资金使用效益的主要表现
1、资金管理实现了从“多层沉淀”到“国库统一”的转变，财政资金可调控总量变大。国库集中收付改革之前，由于各单位分散设置银行账户，自行掌握尚未支付的财政资金，财政资金在运行中沉淀层次多、规模大。改革之后，按照国库单一账户体系管理，所有单位原有账户被取消，所有财政性资金纳入国库单一账户体系管理，所有未支付到最终收款人或用款单位的资金余额最终都由财政部门掌握在国库单一账户中，大幅度提高了财政的资金调度能力，降低了财政筹资成本。
2、资金支付实现了从“中转”到“直达”的转变，财政资金运行效率变快。改革之前，财政资金先要到达预算单位账户进行中转，再由各预算单位通过自有账户自行支付，其间银行压票等影响支付效率的情况时有发生。改革后，按新的账户设置和支付流程，财政资金采取财政直接支付或授权预算单位支付，通过代理银行直接支付到收款人或用款单位，运行效率大大提高。
3、资金监管实现了从“以拨代支”到“透明可控”的转变，预算执行约束力变强。改革之前，财政资金的使用实行的是以拨代支的方式，缺乏来自预算单位的预算执行信息，有些预算执行信息来源于一级预算单位，而且是通过纸质报表报送。这样的传递方法，信息来源粗略，信息延伸半径短，很难做到完整、准确、及时，透明度不高。改革之后，预算执行信息来源于基层预算单位零余额账户的每一笔支付交易记录，预算执行信息的完整性、准确性、及时性大幅度提高，有效增加了预算执行透明度，为财政运行管理和宏观经济调控提供了更为及时可靠的信息基础。
二、国库集中收付改革影响财政资金使用效益提高存在的不足
1、国库集中支付网络平台建设有待加强。一是稳定性不够。国库集中收付工作必须依靠支付网络平台开展工作，支付网络平台能否平稳运行直接关系到财政部门、预算单位、代理业务银行集中收付工作的开展；二是互联性不够。财政、人民银行、预算单位、代理银行部门内部纵向的联网系统已经基本建立，但横向联网还不发达，信息共享程度还很不够，协调性不够，制约了支付清算时效性提高的实现；三是优化性不够。国库集中支付系统操作中，存在在一个菜单内就能完成的操作被设置到了两个或多个操作才能完成，增加了操作步骤，降低了操作效率。
2、资金使用效率有待进一步提高。一是资金清算效率需要加强。资金清算过程中存在代理银行数量多，支付信息归集面广，整体工作量大的问题；二是各支付环节激励和约束机制需要建立。当前对国库集中收付工作各环节参与者如何高效履行审批、拨付、账务记载的职责，尚缺乏一种激励、约束与协调机制；三是机构职能设置需要优化。国库科和国库集中收付局在资金审批、账务处理、资金清算等方面职能需要进一步优化，促进资金使用效率进一步加快。
3、提升财政资金收益的手段有待丰富。一是提升财政资金收益方式单一。财政资金可调控总量已经在逐年增加，但地方财政在国库集中收付提升财政资金收益方面的手段仍较为单一；二是创新不足。财政资金收益提升缺乏新思路、新对策，提升空间受到制约；三是政策支持不够。目前国家、省、市对提升地方财政国库资金收益尚无具体激励政策。
三、在国库集中收付工作中进一步提高财政资金使用效益的建议
1、强化网络平台建设，确保稳定高效运行。一是增强平台的稳定性。通过采取人员培训、设备维护等手段减少人为因素对网络平台运行的影响；二是建立国库集中收付工作参与主体的激励、约束、协调机制。 完善国库集中支付系统，进一步明晰各环节责任，提高数据共享程度；三是优化系统操作。对操作功能进行合理归并，优化操作流程，提高支付效率。
2、优化管理方式，确保运行效率。一是扩大直接支付范围。虽然预算单位授权支付有一定的必要性，但财政直接支付更有利于实现对财政资金支出全过程的监控，故建议还要继续扩大直接支付比例和范围。二是适当整合国库集中收付业务代理银行。应科学界定代理银行资质，控制代理银行的范围，将代理业务通过招投标等形式控制在1-2个代理银行的范围，减少财政资金归集清算银行面；三是加强业务培训，强化工作反馈。要针对改革的需要及时开展业务培训。通过及时收集预算单位、代理银行等环节反馈的工作情况，解决好较集中、较突出的问题。在不断解决问题，改进工作方法的同时，加快优化从事国库集中收付改革工作人员的结构，提升各方面的工作能力。
3、积极探索新方法，提高财政资金收益。一是建议适当购买国债。建议在安全的基础上增加财政资金收益，在当前阶段，除了通过定期存款利息提高收益外，可通过购买国债等安全稳定的手段增加国库资金收益；二是通过招投标方式开展国库现金管理商业银行定期存款业务。通过招投标选定定存银行，最大限度提高财政国库资金收益；三是加快研究地方财政国库现金管理方法。2006年，经国务院批准，我国开始实施中央国库现金管理，相对于中央国库现金管理，地方国库现金管理还有待进一步研究，建议在国库存款计息基础上，进一步理顺财政部门、人民银行、商业银行之间的关系，出台符合地方财政实际的管理办法，提高财政国库现金的使用效益。通过探索新的方式方法，促进财政部门科学理财，做大财政收入“蛋糕”，促进财政管理水平迈上一个新的台阶。