“昭和２０年９月２１日晚，我死了。” 这是动画电影《再见萤火虫》的第一句台词。 一个衣衫褴褛的少年，气息奄奄地躺在人来人往的车站，正走向他１４岁短暂生命的终点，这是在战败一个月后的日本。
恍惚间，少年看到了他死去的妹妹，看到了那个飞满萤火虫的夏天。
那时候的哥哥和妹妹是幸福的，装满糖果的小铁盒子、漫天飞舞的萤火虫，哥哥拉着妹妹的手在夜晚奔跑以及妹妹银铃般的笑声都成了即将发生的悲剧的无情铺垫。
空袭开始了，妈妈在轰炸中突然离世。在突如其来的打击面前，哥哥能做的只是将妈妈死去的消息瞒过年幼的妹妹。空旷的广场上，哥哥卖力地为哭着要找妈妈的妹妹表演着单杠，夕阳下两个瘦小的身影显得那么单薄。也许，就是在那一刻，哥哥试图将所有的悲伤扛起，决定在纷乱的废墟上为妹妹擎起一片晴空吧。
兄妹俩去投靠亲戚。然而，战争让亲情疏远，物质的贫乏更使人们彼此冷漠。越来越多的白眼和碗中越来越少的米饭暗示着他们必须离开了。哥哥终于决定带着妹妹搬走，去建造一个属于自己的家。但是，在唱着歌快乐离开的时候，他岂能料到因那战争而不可逆转的悲惨命运。
萤火虫再次飞舞，兄妹俩的厄运却不断降临。饥饿和疾病是困扰他们的最大问题，为了让妹妹不再饿肚子，哥哥只好去偷，而且是趁飞机轰炸之时。每当在人去楼空的屋子里找到一些食物，他都会无比兴奋。影片为这段生活赋予了更多的笔墨：废弃的家园，荒凉的原野，恬淡与残酷相间，冷漠与温情并存。
在漆黑的废弃山洞中，哥哥将萤火虫捉进蚊帐，漫天飞舞的萤火虫在夏季闷热的深夜里明明灭灭。哥哥将熟睡中的妹妹紧紧抱住，生怕一松手就又会失去。然而，战争本身就意味着失去。
萤火虫的一生只有一个夜晚，一切都在夏日微醺的风中逝去。
妹妹早已知道妈妈不在了，并以那么小的年纪理解了死亡和坟墓的含义。一捧捧萤火虫的小尸体，从节子手中坠落，混入泥土，化作尘埃，哥哥仿佛看见了妈妈那同样脆弱的肉体燃成灰烬的样子。死亡再一次击打着哥哥幼小而坚强的心灵，这时滚过面颊的泪水，也许是为了妈妈，也许是为了萤火虫，也许只是为了生命不堪一击的脆弱。
萤火虫，只能活一个夜晚。在美丽的夜里，它尽情展示魅力，然后在黑暗中悄然坠下。恶劣的环境使节子身上起了湿疹，他们没有钱去看病，更没有钱去买药品……年幼的妹妹终究没能逃过饥饿和疾病的双重折磨，悲惨地死去。
节子死的那天也是在一个满天都是萤火虫的夜里。她含着笑，在最美的风景中去找那只有在梦里才能过的幸福生活。
当萤火虫再次亮起的时候，那个装糖果的小铁盒子，那个有着银铃般笑声的名叫节子的的小女孩，那个山脚下门口搭有秋千的防空洞，那漫天飞舞的萤火虫……所有这些都令人感到一种令人窒息的悲凉。
一切都那么残酷，一切都那么不近人情，在战争面前一切都是那么徒劳。哥哥为了妹妹和自己能够生存下去已经拼尽了全力，可他仍然不能保住唯一的至亲。绝望伴随着夜晚降临，当火焰渐渐熄灭，幽幽的萤火虫为孤单的哥哥唱起最动人的旋律，纷纷扬扬升腾着的萤光在最远的天空结成温暖的笑脸。那是战争夺走的他所有的亲人和生活的全部……