一、实行国库集中收付制度后科研经费管理存在的问题 （一）科研项目经费划拨滞后性 国库集中支付制度对预算管理有很严格的要求，高校在有使用财政资金的需求时，首先必须按照批准的用款计划向财政支付部门提出申请，经财政部门审核同意后，可以采用两种方式拨付财政资金：其一，以财政直接支付方式直接向商品和劳务供应方支付款项；其二，采用财政授权支付方式将款项下拨到预算单位零余额账户。这样一来，势必就增加了会计核算环节，会延迟付款时间，造成高校科研的项目经费下拨的滞后性。
（二）在思想认识上有必要改变学校领导和项目负责人对科研经费管理的观念
在现实中，科研项目管理方面缺乏一些不正确的思想认识，各项目负责人就可以很自由的使用科研经费，难免会有人从中谋利。国库集中支付制度改革后，实际上已经是将高校财务管理权特别是对科研经费的审批权和调度权在很大程度上收归于国家财政，部门行使的仅是对科研项目的预算自主权，科研相关部门的既得利益的丧失，因此项目负责人往往会因此产生抵触情绪。
（三）多头管理导致科研经费使用不合理
现行的高校科研经费大多是由科研处和财务处共同负责监督管理，科研处一般负责对科研项目的申报、实施以及统筹管理，财务部门负责科研项目经费的筹措和支出核算。这样的不足之处在于科研部门不了解经费的使用规定，财务部门不了解项目的具体内容。
（四）科研项目支出比例不清晰，结构不合理
当前在我国高校内部重视的是能争取到科研经费，轻视了对经费的使用和管理。对科研经费配置上存在着一定的盲目性和随意性
财务部门在实际核算的过程中由于不了解整个项目预算中的各类支出的比例，无法对经费使用的正确性和合理性进行有效的监督，只能对每一笔业务的合法性与合规性进行会计审核，会导致某些支出项目的比例不合理。
三、如何做好国库集中收付制度下的科研经费管理
（一）加强科研经费的预算管理
实行国库集中支付制度后，严格了预算执行，明确了按预算支出，不得擅自改变预算渠道的硬性规定。科研经费的一切支出都要严格依据预算，因此，科研经费的预算管理及编制工作就显得尤其重要，这就对高校财务人员和科研项目负责人编制预算提出了更高的要求。
（二）规范科研经费的制度管理
对国有资产的制度管理。根据现行国库集中支付制度规定，使用科研经费购买的固定资产，也属于学校的国有资产，项目负责人及成员只拥有使用和保管权，不具有产权。
对科研经费支出的额度管理。应该对科研项目的各类支出制定相应的比例，这样便于会计人员在核算时进行有效的控制和监督，也是科研项目管理人员对科研项目进行监督管理的依据。
对科研项目经费的结余管理。高校应根据学校实际情况，明确课题结账时间和结余经费的用途。科研项目结束或通过验收后，学校科研管理部门应及时通知财务部门已经结题的课题有关信息，财务部门要对其成本进行详细分析，严格执行科研经费结余管理办法，及时处理结余，避免长期挂账。
（三）创新科研经费的组织人事管理
首先，要进行机构创新。高校应该成立有财务部门参与的科研经费管理组织，对经费管理进行全方位监控；在项目的结束验收阶段，应该将项目的经费使用情况作一个完整的总结，项目结束的同时，经费也将结账，按照相应的规定进行结算。
其次，高校可以建立专管科研经费的财务机构，可以在学校的财务处下设单独负责学校科研经费核算的财务科室，保证科研经费专款专用、独立核算。这种模式有利于科研项目管理与科研经费管理协调统一，避免不必要的脱节，加强经费的合理使用。
最后，加强高校财务人员的培训。国库集中支付是一项全新的业务，财务人员还应掌握更多的计算机网络知识。这就要求高校建立会计人员培训机制，通过多种形式，实行多层次培训，以适应新形式下高校国库集中支付工作的需要
（四）创新科研经费的额度管理
进一步规范和完善国库单一账户体系，解决单位零余额账户与经费存款账户并存等问题，对账户之间划拨资金等具体问题予以合理界定，考虑预算外资金不纳入国库集中支付系统管理，学校在安排科研经费预算时，优先考虑通过预算外资金安排科研经费。
完善零余额账户体系。国库集中支付制度下，通过零余额账户授权支付方式，用于高校直接支付业务。可以借鉴国际经验，为各预算单位开设一个以上的零余额账户，记载与每个科研项目有关的流入流出额，各账户的余额都代表着科研项目在余额内进行支付的能力，完善零余额账户体系。
参考文献：
[1]汤贺凤,《浅谈国库集中支付制度下的高校科研经费管理创新》.教育财会研究.2010(1).
[2]杨洁.《国库集中支付改革对高校会计的影响》.现代经济.2008(8).
[3]《教育部、财政部关于进一步加强高校科研经费管理的若干意见》(教育部.财政部教财.2005:11.