在大型基建工程项目的建设中，如何提高医院资金的效益，是摆在医院内审人员面前值得思考的问题。实践证明，跟踪审计全过程参与项目建设，全面了解项目决策和实施情况，及时实施监督和制约，避免造成一些无法挽回的损失，能及时发挥效益审计的“效益”。在跟踪审计过程中，关键要做好以下几个方面的工作：
一、 不断提高内审跟踪审计人员的专业水平和业务素质
由于跟踪审计对工程项目实行了全过程的造价控制，审计的内容大大超出了传统结算审计的范围，时间跨度长，协调环节多，审计风险大，没有相应的技术手段和人员素质作保障，就难以达到理想的审计效果。这就对跟踪审计人员的专业素质和综合能力提出了较高的要求。首先应当具备相关的专业素质，熟悉施工作业程序，掌握工程项目投资、进度、质量控制的内容和方法。其次，在审计手段方面，要能熟炼应用计算机技术和审计软件，从而进一步提高工作效率和把握审计质量。因此，从事跟踪审计人员要不断地在原有知识储备的基础上，学习和掌握如基建施工技术、项目管理、工程定额、工程（预）结算软件的应用等方面的新的知识和方法，提升审计技能和个人素质。
二、把握跟踪审计的重点
跟踪审计的实施过程与施工过程同步进行。施工过程是动态的，并且施工往往是立体交叉式推进，即同时有若干个单位工程的多个分部分项工程在施工，而通常情况下施工过程跟踪审计又不能影响施工进展。因此，要把握好跟踪审计的重点：
(1)土、石方工程重点是基槽、基坑开挖及支撑方式；土壤及岩石类别；排水、降水措施及时间；土方填、挖区土方的调配方向、数量、运距。
(2)桩基础工程跟踪审计的重点为桩的型号、长度、根数、接桩的数量以及打基桩的方式，如是人工桩还是机桩都有很大的区别，造价费用也是有很大差别的。
(3)砌筑工程跟踪审计的重点为砖砌体砌筑、墙体厚度、砂浆的强度是否达到设计要求等。
(4)钢筋工程重点是钢筋的种类、规格，钢筋的位置、布置间距等是否符合设计图纸要求。
(5)混凝土工程重点是混凝土的强度等级、混凝土浇注截面及厚度是否符合设计图纸要求，对造价的影响等。
(6)屋面防水及保温隔热工程重点是防水、隔热材料的选用、厚度以及施工工序是否按照设计图纸的要求。
(7)楼地面工程重点是垫层材料的种类、厚度，找平层、面层的厚度等。
(8)水电安装工程重点是配管、配线和给排水的管材材质、规格、敷设方式等是否符合设计图纸的要求。
(9)装饰装修工程重点是工程量清单、装饰装修的尺寸、材料以及施工工序、工艺等是否符合设计图纸和合同的要求。比如在地板砖（或地板胶）、天花铝扣板等材料的选用上，不同的品牌、等级其造价就有很大的差别。
(10)工程计量（价）签证单的重点是设计变更的原因、变更的数量以及对造价的影响。如对变更（或增加）的工程量要和现场施工代表、监理一起进行现场测量计量，工程造价要进行市场调查和咨询相关工程造价咨询公司后方可签字。
三、聘请社会中介机构把关，降低内部审计风险
由于医院内部审计机构在目前的情况下不可能配备很多方面的专业人才，而大多数内审人员又存在土建、安装、水电、智能化、园林等方面专业的极限性，因此，有必要聘请社会中介机构把关，他们各方面专业人才的配备比较齐全，力量比较雄厚，一方面可以解决内审机构和内审人员的极限性和培训提高内审人员的业务素质，另一方面可以降低内部审计风险。
四、搞好跟踪审计的协作配合
正确处理好跟踪审计与相关单位的协同关系，跟踪审计的作用能不能充分发挥，除了技术性因素以外，主要还取决于建设单位、施工单位的态度和监理单位的配合。在跟踪审计过程中，既要树立内部审计的权威性和严肃性，又要正确处理好参与工程建设与监督各方的关系，使监理单位、施工单位、建设单位的相关管理人员要积极配合、理解和支持审计工作，确保跟踪审计各项工作的顺利开展和达到跟踪审计的目的。
五、合理制定跟踪审计的费用
目前在工程项目的跟踪审计上，除了内审人员参与跟踪审计外，往往需要社会中介机构的参与协审。但作为中介机构而言，其取费考虑的仅是两个因素：劳动投入和审减金额，并根据基本审核费加审减额比例提成的方式计费。于是矛盾点就会集中在跟踪审计工作做得越好，过程问题解决得越多，最后竣工结(决)算时审减收费就越少。因此，跟踪审计的取费不能仅仅只看审减额，可考虑在工程跟踪审计过程中所解决问题的效果（如材料价格咨询、单项工程造价咨询与核定、隐蔽工程签证等方面服务的效益）按比例给予提取审计费。