创新探究型学习过程是一个开放的、动态的系统，根据学习内容、学生特点、教师的个体优势以及教学设备资源等状况的不同，在教学中可以有多种多样的程序设计。但是无论怎样变化，它遵循其内在规律性，正所谓,云无定姿姿万态，教无定法法自在。
一、 创设情境
爱因斯坦曾说过：“提出一个问题往往比解决一个问题更重要，因为解决一个问题也许仅是科学上的实验技能而已。而提出新的问题、新的可能性以及新的角度看旧的问题，都需要有创造性的想象力，而且标志着科学的真正进步。”因此，在课堂教学中教师不但要把培养学生提出问题的能力放在一个重要的位置上，而且应善于创设情境，培养学生提出问题的能力。生物知识来源于社会生活实践，具有广泛的实践性和趣味性，这需要我们根据学生的年龄特点、认知特点和知识水平，结合教材的内容，采取丰富多彩的形式，如实验、故事、科学资料或生动活泼的多媒体课件等，创设良好的问题情境，激发学生的好奇心、求知欲和参与意识，调动学生学习生物的积极性。对于未知世界的好奇心是人生来就有的一种可贵的品质，李政道曾说过：“好奇心很重要，有了好奇心，才敢提出问题。”因此，这一环节的成功实施，会使学生有很多问题想急于探究。教师要给学生充分想像的质疑的空间，引导学生大胆质疑。在学生思维得到充分发散的基础上，教师要给予必要收敛，并帮助学生确认本节课的学习目的。如：初中生物“第三节拟定保护生态环境的计划”一节，该环节是这样处理的：教师先放一些祖国山河特别优美的图片，然后再出示一些环境污染严重的图片，让学生说出名自的感受，从而引出保护环境的重要。出示课题：拟定保护生态环境的计划。问题的提出主要有三种途径：① 教师将教学重点置于一个大的情境中，引导学生借助于情境中的各种资料去发现问题，形成问题并尝试解决问题。② 教师针对教学内容设计出一个个学习单元，每个单元围绕着一个具有启发性的问题而展开，学习者通过讨论，合作来分析问题，寻找解决问题的方法和途径。③ 学生通过观察从现实生活情境中发现自己感兴趣的问题进行探究。前二种在当前的学科教学中应用较为广泛，因为它增强了问题的有效性并能节省时间，但归根到底还是教师牵着学生的鼻子走，影响了学生思维的主动性和广阔度。后者虽然可能走的弯路要多一些，花费的时间也长一些，但能使学生养成发现问题的良好习惯，有利于培养学生的创造性思维，从长远看，更值得提倡。
二、 指导探究
问题明确后，学生可根据教师提供的研究素材，或自己搜集材料，展开研究。在探究过程中，学生联系已有的知识、技能、经验中的有关信息，对材料重新审视、修正甚至否定。经过这样的探究的过程是知识扩大的过程，是各种思维不断完善的过程，也是科学态度、科学方法逐步养成的过程。具体地说，在学生进行探究学习时教师应从以下几个方面加以指导：
1.指导学生运用多种思维方式对问题进行分析、解释和假设。
面对问题情境，教师可引导学生运用已有的知识和经验对问题进行分析，猜测可能的造成这种现象或结果的原因，初步提出自己的假设。在这个过程中，学生常用的有直觉思维、想象思维、发散思维和批判思维。
2.指导学生在解决问题的过程中掌握各种探究技能和方法。
问题提出后，教师要引导学生对问题进行深入的了解与分析。教师应该培养学生收集、筛选、组织和使用各种信息的技能。要让学生学会识别、选择和利用各种各样的信息源，知道蕴藏这些信息中的住处都是用什么方法来获取的，可以通过什么工具来搜集；要了解这些信息源哪些具有权威性，在科学界是得到大家承认的。学生通过阅读这些资料，可以开阔眼界，获得相关的知识，了解他人在这方面取得的成果，并从中受到启发和借鉴。在此基础上，提出自己的看法或假设。如：“种子萌发的条件”一节中，该环节是这样处理的：
师：出示几颗种子，然后问：这几颗种子要想发芽，都需要哪些条件呢？大家设想一下。
生：我认为与温度有关，天气变温的时候，各种植物的种子才会发芽。
生：我认为与水分有关，小麦收获后，总是把种子晒干，这样就不易发芽，而未晒干的种子却很容易发芽。
……
提出假设之后，教师就可以组织学生灵活运用观察、实验、调查、测量、比较等方法去验证他们的假设。这是一个螺旋式递进的过程，在这个过程中，学生运用创新探究的方法对假设从多方面进行验证，如果结论证实自己的观点是正确的，那么学生的认知就会趋于平衡；反之，则产生新的认知冲突，学生就不得不提出新的假设或修改自己的论证过程，直到得出正确的结论。在进行验证活动之前，老师应指导学生先制定切实可行的计划，了解科学研究的有关知识和要求。在探究过程中，学生要认真观察，对发现的现象和过程要做详细的记录，结论要准确。
教学的最高境界是使学生学会学习。让学生亲身经历生物概念和规律的产生过程，提示生物现象的本质，体会、感悟这些过程中运用的科学方法，是学生学会学习的关键。要引导学生通过合作探究，学习新知识，体会、感悟过程中所蕴涵的科学方法，或者在科学方法的引导下完成探究目标。目标教师要利用上一环节给学生带来的精神上的愉悦和亢奋，根据实际需要，选择灵活、恰当的教法，例如边学边实验、自学讨论、主题探究活动等。引导学生沟通生活世界和书本世界，获得感性认识并实现从感性认识向理性认识的升华。无论选择何种探究方式，均应以教学内容为核心，以科学方法为主线，通过教学活动“模块”的有效实施达成教学目标。
三、 点拨领悟
学生在相对独立探究中会遇到一些凭借自身能力难以解决的困难，或由于受原有知识经验的影响，往往只注意知识的表面形式或浅层含水量，认识仍不免偏颇、肤浅。因此，教师在学生创新探究过程中，要抓住时机对这些重点和难点问题作必要地点拨和讲解，引导学生进行深入思考，真正领悟问题的实质。教师的指导一定要恰当，要考虑学生的知识基础、思维能力和个性差异，看准时机，把握火候，掌握技巧，控制分寸。指导得过深、过难，超越了学生的实际水平，会挫伤学生思维的积极性；指导得过浅、过易不仅起不到启迪思维的效果，反而会抑制学生的思维。
四、 拓展提高
拓展就是发展知识，即对所学知识进行升华延伸，开阔学生视野，为学生留下一个更广阔的探究空间。优秀的教师在学生完成一项探究活动后常常巧设疑障，设立悬念，激发学生进一步去思维、去探索。拓展的形式多种多样，教师应根据教学内容、学生情况和课临时出现的变化灵活运用。针对不同课型选择不同的拓展形式，如游戏法，即寓教于乐，让学生在游戏中学会解决问题；实践法，即通过课内课外的沟通，学科与学科的沟通，提高学生解决实际问题的能力。通过拓展，学生对事物的认识会更加全面深刻，思路会更加清晰有条理，获得的信息也会更加丰富；同时也培养了学生的自信心和敢于表现自我的勇气。