信息时代的到来为各行各业的发展提供了发展的机遇，同时也带来了相应的挑战。对于事业单位的会计管理来说也面临着相应的机遇和挑战。事业单位独有的性质决定了它独有会计管理方式方法，既有财政拨款又有独立经营的一面，它的管理的特殊性带来了会计管理的特殊性。在会计电算化的现在，更需要不断地吸取和创新自己的会计管理方案。就当前来说，会计电算化面临以下几点挑战。
第一，会计电算化下的会计职能发生了相应的变化。会计电算化是通过计算机进行运算储存，信息处理量快速，储存信息量大。改变了过去那种纸质的记账本。旧式的记账方法，流水账和总账相结合的方法，如果发现错误只能用不同颜色的笔标出来重新计算，现在只需要在电脑上改正即可。并且，现在处理信息相当方便，更本看不出到底是哪个地方改动过。从这方面看来也为做假账带来了便利，这是现实中所存在着的。
第二，会计电算化下的档案管理控制发生了变化。会计电算化下，档案的管理出现了新的情况。会计档案改变了以前那种纸质的档案，把大量的数据存储在具有磁性的载体上，信息储存量大，携带方便。但是也存在诸多问题。很容易丢失，一旦丢失即会带来很大的损失，因为它的储存量很大，一旦丢失很难弥补。它的使用条件非常的苛刻，必须有软件和硬件的结合才能起到相应的作用。
第三，会计电算化下的出纳工作。在跨级电算化的时代，出纳工作的职能没有发生相应的变化。作为出纳工作职能，依然如故，反倒是在出纳工方面更加方便，不用再来回跑银行，只需在办公室就把银行账单对了，省去了不少麻烦。但是也存在出现错误的情况，导致无法正常的履行义务。
第四，会计电算化的时代对会计管理人员提出了新的挑战。事业单位的会计管理人员多是以前纸质时代的会计，没有相应的电算化会计管理知识，这就使得在操作上不成熟，需要不断的磨合。由于事业单位的用人机制所限定，专业会计人员还不能完全充实事业单位的会计管理岗位。
根据以上几点提出以下几点建议。
第一，建立信息时代的会计管理制度。根据信息化时代会计职能的转变，制定相应的会计管理制度。实行双向审核制度，即纸质与电子账目双向审核。会计电算化对于当下来说无疑是最为方便和快捷的管理方式，但是最终的解释还是需要人来操作完成，尽管在软件的设计上采取了这样那样的管理措施，但是作弊的方式会更为隐蔽，更难发现。所以，一个严格的会计管理制度是非常有必要的。必须有专门的负责人，采取问责制。要有严格的执行制度，做好收支两条线，不能随意改变制度。为此，必须重新审视会计管理制度，完善会计合理的支出制度，出纳与会计分离，不能人兼两职。
第二，制定完整合理的信息时代档案管理方法。信息时代的档案管理发生了改变，所以要实行新的管理制度与之相适应。首先，设置设备管理权限，由会计部门主要负责人和专门管理人员建立联合的输入密码，每次工作的开始必须有两人共同的密码才能管理登陆。保证专属专管，责任明确到人。其次，防止信息的丢失需要备份各种账目文件，做到有备无患。财务主管和专门管理人员各存份，以备查证。最后，严格控制档案室的准入制度，非工作人员不得入内。做到监管到位以防不测。
第三，完善出纳制度做好出纳工作职业道德培养。出纳是个单位和部门直接管理现金的工作人员，在信息化时代，不用在跑到银行来回对账，只需把银行信息加以比对即可。这就要求每一位出纳人员都要有良好的职业操守。严格遵守各项纪律，因为出纳人员既要记录支出的每笔现金，又要记录每一笔入账的现金，在这种前提下，更应该做到该付的钱要付该如的钱要入，不能鱼目混珠，减少录入或者支出。并且，这种入入出出的现金每天都在发生，所以每位出纳人员必须认认真真马虎不得。对于事业单位的出纳来说，有更重要的意义。每笔现金的流出或者流入都关系着国家财产的应用，这些来自各行各业纳税人的钱，不能随便支出，要把每一分钱用到国家的建设上，促进社会进步。这就更加加重了事业单位出纳的要求。
第四，对会计管理人员做好岗前培训，达到信息划时代的要求。事业单位用人制度的特殊性，每个单位录用人员必须经由政府部门批准，所以在会计专业人才方面还不是十分普遍。先从事会计事物的人员多由原来的非会计专业人才担当，多是临时抱佛脚，你脑瓜好使你来做吧，等以后再说。所以很多人员都从临时开始走到了退休。这种现象在部分单位还是存在着的。但是会计工作必须每天都要有人来做，这是个部门的非常重要的工作，没有它会造成整个部门工作难以开展。所以，对当前的会计管理人员做好会计电算化的培训势在必行。
总之，信息化时代的到来，为事业单位的会计管理带来了新的生机，使事业单位会计管理走上了方便快捷的模式，大大的提高了工作效率。同时我们也应该看到在新的信息时代下也还不十分完善，还存在这样那样的问题。为事业单位的会计管理提出了新的挑战。人员素质的良莠不齐、制度尚不完善、各项职能的分工出现重组等诸多问题。尽管还存在这样那样的问题，我们有理由相信在不断地改进中，会促进事业单位会计事业的发展。希望本次的分析能为事业单位会计管理出一把力。