一、基层院查办自侦案件工作中存在的主要问题及原因 （一）办案安全重视不够 1、没有事前制定详细的侦查计划、安全事故防范预案，往往在立案后再补加。这就给案件带来很大的安全隐患，如遇到突发事件，办案人员往往会不知所措。
2、没有做到依法办案，如《刑事诉讼法》和《人民检察院刑事诉讼规则》明确规定：询问、讯问时应由两名以上办案人员进行，但是在案件办理过程中，单独讯（询）问的事情时有发生。
3、没有真正实现看守分离。我国刑诉法规定，提解、看押犯罪嫌疑人的工作必须由司法警察承担。有些案件办理过程中，司法警察并未履行职责，看守、提讯全部由侦查人员来做。
4、随意把犯罪嫌疑人、证人带离讯问区，甚至为了工作方便，把犯罪嫌疑人、证人带入办公室做笔录。
5、同步录音录像重视不够。有的办案人员讯问犯罪嫌疑人有意不打开录音录像设备，或者先前做好讯问笔录，让嫌疑人背诵讯问内容，录音录像只走形式。
（二）调查取证难，证据难固定
1、经费不足，装备落后，侦查手段有待扩展。目前，我们的侦查手段还停留在以讯问为主的传统基础上，而不能使用技术类秘密侦查手段，显然已经不适应自侦工作的发展要求，也制约了案件的查处力度。；
2、犯罪嫌疑人反侦查能力强。国家工作人员职务犯罪同其他犯罪相比，手段较为隐蔽、多样，抗侦能力较强，且犯罪多数属于智能型犯罪，从而决定了这类主体实施犯罪后难以发现，造成犯罪的物证、书证等实物证据很难收集。
3、一些地方和部门存在保护主义，发案单位不配合。由于地方和部门保护主义的存在，消化了许多职务犯罪案。一些发案单位领导法治观念淡薄，对案件的查处总是遮遮掩掩，或者是怕拔出萝卜带出泥，或者是看重本部门及个人的声誉，怕本单位干部被查处，上级领导让自己承担领导责任，影响自己前途等等,从而极力阻碍办案，欺上瞒下，对一些犯罪作内部处理，力图将大事化小、小事化了。
4、部分干警侦查中有畏难情绪。职务犯罪案件多涉及国家机关工作人员，这些人员社会关系繁杂、关系网较厚，对这些案件的查处，往往会得罪不少人，特别是可能得罪一些领导干部或一些掌握实权的人物。有的干警怕因此影响以后发展或影响今后家属、子女就业、升学等一系列问题，因而在办案中有畏难情绪。
（三）办案质量存在的问题
1、重实体、轻程序。反映在执法观念上，表现为：取保候审条件掌握不严，采取取保候审措施的现象较为普遍；办案超期现象时有发生；送达和告知手续不完备；取证程序不规范等。
2、重立案、轻结案。近年来，办案部门对上级下达的立案目标数十分重视，年初强调立案“破零”，半年强调任务过半，年终强调立案“突破”，但对结案较少考虑，往往是前半年抓立案，年终时忙结案，这样不但办案时间拖长，效率减低，办案质量也难以保障。特别是一些取保候审案件更是结案率低。
3、重数量、轻质量。由于受到定指标、定任务、年终排名等目标考评的影响，过分重视立案数量，有的重复立案，有的共同犯罪分开立案，一些明显不该立案的也强行立案，甚至个别单位出现突击立案、撤案的情况。
4、重协作、轻监督。由于检察机关自侦部门和监督部门同属一家，在平时工作中多注重协作、配合，在一定程度上弱化了监督部门应履行的监督和制约职能。
（四）案件定性难
1、主体身份无法确定，导致认定难。刑法修改后，职务犯罪案件的主体基本上限于国家工作人员。但目前，由于我国正在进行机构以及用人制度等方面的改革，一些机构职能、部分工作人员的身份界定，还没有具体明确。如医生收受回扣、教师收礼等行为是否构成犯罪，在认定上存在一定的困难。
2、司法解释相对滞后，导致认定难。问题主要集中于犯罪行为的量化标准及相关司法解释缺失等方面，如财产来源不明与受贿、贪污在量刑上的巨大差异以及渎职犯罪的“情节严重”、“情节特别严重”，无明确的标准等情况；《刑法》修正案（七）关于利用影响力受贿的特定关系人认定存在实践上的争议，这无疑给承办人带来一定的困难，有时也放纵了犯罪。
3、干警业务水平不高，造成认定难。目前，在检察系统，由于历史原因，还有不少干警知识水平较低、法律根基不牢。再加上检察内部人员调动频繁，很多干警侦查意识和技能不强，平时又不注重法律业务学习，因此在工作中对法律一知半解，从而造成在对具体案件中出现理解差异，人为造成案件定性难。
（五）执法观念陈旧，影响立案后案件的成案率
1、执法观念陈旧。有的办案部门、人员仍停留在“由供到证”的思维定势和习惯做法，存在依赖口供而忽视其他证据的办案现象。
2、对案件未经认真分析即着手侦查。由于对案件分析不深不透，个案侦查的目的和方法不够明确，存在案件查处中思路混乱，所收集的证据不知所证方向。
3、侦查计划简单粗放。有的侦查计划没有认真按照分析确定的目的、方向、方法进行周密考虑和筹划，存在着在案件的查处中“无的放矢”。侦查计划也没有随着情况变化及时调整完善。
4、侦查工作不够扎实细致就急于接触被查对象。有的急于求成，仅凭较单薄的证据，就立案并接触被查对象，形成骑虎难下的僵持局面。
二、对策与建议
（一）加强对自侦干警的思想政治教育和业务学习
通过扎实开展各种形式的岗位练兵活动，加大培训力度和业务学习计划，提升干警整体素质。通过政治思想教育，让干警进一步“为民执法”的理念，在办案中要做到“敢查、敢办、敢管”，要掌好、用好法律赋予的神圣职权，坚决打击一切职务犯罪行为，维护法律的正确实施。基层检察机关自侦部门的办案人员要进一步转变执法观念，改进执法作风。要彻底摒弃那种只比数量，不看质量，追求“规模化”效益的执法理念，要将每个案件办准、办实，办成铁案，经得起法律和历史的检验。上级业务主管部门在制定工作考评指标时，应以案件的起诉率和有罪判决率作为评先的主要标准。
（二）严格依法办案，规范办案程序
不仅做到办案实体合法，而且要确保案件程序合法、期限不逾、强制措施得当、法律文书规范、法律手续完备。在办案方式上，要积极探索，寻找规律，摸索出办案工作新方法、新途径，找到查办职务犯罪案件新的增长点，努力提高案件成案率。同时要加强办案人员证据意识，充分发挥上级院查处职务犯罪指挥中心的领导和协调作用，对一些重大案件或办案阻力较大的案件，成立专案组，加大侦查力度。
（三）加强内部讨论，提高办案水平
在办理自侦案件时，要充分发扬民主进行讨论，一般案件科室讨论，重大疑难案件提请检委会讨论，起到解疑释惑、把准定性，纠正错误、提高干警办案水平的作用。上级院应加强办案实战技能培训，特别是对查处“系统职务犯罪”应及时总结办案经验，推动基层院扩大办案成果。
（四）加强部门合作，强化内部监督
自侦部门在办案时应多与侦查监督、公诉、监所等部门合作和交流，使案件从实体上和程序上把握更准，要形成从立案开始即由侦查监督部门提前介入，引导侦查的制度。加强诉、侦动态联系，尝试实行公诉引导取证制度。特别对如何搜集、提取、制作更符合起诉标准要求的物证、书证和证人证言加强交流，提高证据质量。
（五）整合警力资源，加强战斗力
针对基层院科室多、警力少、办案任务重的现状，建议整合警力资源，形成规范的派警、出警机制，明确落实司法警察和侦查人员的责任，真正实现看守分离，这样既可以在办案中形成优势互补，又能加强整体战斗力。
（六）设置专门的案件质量监督检查机构
实行独立监督与监督对象相分离，建立由检察长任组长，纪检监察、研究室、控申等部门负责人为小组成员组成的办案质量审核领导小组，对案件质量进行定期检查和随机抽查。
（七）建立案件质量预警机制
主要是对自侦部门的不立案、撤案、不捕、不起诉、移送其他部门处理等案件动态发展状况要及时掌握研究，基层检察院检委会办公室在对上述案件情况进行统计分析研究的基础上，与国家法律与政策及上级机关的各项要求进行对比审查，若存在不正常上升和下降趋势，应及时与有关职能部门展开调研，找出原因，报请检察长后发出预警信号，积极采取措施，改正工作。