1.建立完善的消毒制度 按奶牛小区的饲养规模，在四周建围墙（网、栏），大门口应设外来人员更衣室和紫外线灯等消毒设施。还要建车辆消毒池，尺寸：长4.5m、宽3.5m、深0.1m；人行过道消毒池，尺寸：长2.8m、宽1～1.4m、深0.05m。池底要有坡度，并设排水孔。生产区与其他区要建缓冲带，生产区的出入口设消毒池、员工更衣室、紫外线灯和洗涤容器。每年春秋两季用2%的苛性钠溶液和10%的石灰等对牛舍、周围环境、运动场地面、饲槽、水槽等进行消毒处理。及时处理粪尿，防止环境污染。
2.定期进行预防接种、检疫
2.1小区奶牛在春秋两季要进行结核病检疫 使用精制结核菌素进行皮下注射，经72小时观察局部有无明显的炎性反应，如果皮厚差大于或等于4mm，可初步判定为阳性病牛，经复检无误后，在动物卫生部门监督下进行处理。
2.2小区要进行奶牛布氏杆菌病的检疫 即在春秋两季抽取奶牛血样，采用试管血清凝集试验方法进行对比试验，如发现阳性病牛，在动物卫生管理部门监督下及时处理。
2.3小区奶牛要实行《奶牛健康证》管理和免疫标识制度 通过对奶牛佩戴耳标，实现“一牛一标一号”，建立档案，详细记录奶牛免疫、饲养和用药情况，及时掌握和监控牛群疾病情况，为小区原料牛奶卫生安全追溯制度奠定良好的基础。
2.4疫苗接种 奶牛小区要在当地动物防疫部门指导下，根据各种传染病的发病季节，做好相应的免疫接种工作，每年进行2次口蹄疫疫苗、1次炭疽菌苗预防注射。
3.坚持自繁自养的原则
既有利于自身的奶牛饲养，又可避免购买奶牛时带进各种传染病。如果必须引进奶牛，一定要从非疫区引进，要选派专业知识强的兽医技术人员到产地与兽医部门联合对牛只进行逐头检疫，证明无传染病后才可引进。购进后，应隔离饲养2个月，经检疫无病后方可进入小区饲养。
4.进行牛群健康普查，构建良好生活环境
奶牛养殖小区每年应定期对奶牛进行1～2次健康检查（包括酮病、骨营养不良病），了解奶牛群代谢状况，定期邀请当地动物防疫部门对牛只抗体水平进行监测，及时掌握免疫接种效果，为科学制定防疫、检疫程序提供依据；要做好疾病预防，要突出强调牛群的安全，不能只针对个体，所采取的一切措施要从小区奶牛群体情况出发，一切有益于群体；要做好牛舍间空隙地的绿化，注意保持舍内通风换气，搞好冬季防寒保温和夏季防暑降温工作。注意运动场地的保养，要供应充足饮水和补饲矿物质；要搞好牛体自身卫生。进入小区的奶农和饲养员应经常刷拭牛体。奶牛的乳房毛可能沾有大量的污物和细菌，很容易污染牛奶和乳头，其污染物是奶牛患乳房炎的潜在威胁，在春秋两季将奶牛保定，用工具将乳房上的毛剃干净；要注意奶牛的蹄子保护。及时清除地面的碎石、铁丝等坚硬异物，保持牛床、运动场及蹄部清洁干净，每年春秋两季各进行1～2次检蹄、修蹄和护蹄工作。
5.进行具有针对性的药物预防
对一些细菌引起的疾病，应及时采用针对性强的抗生素进行治疗。如奶牛乳房炎，可先用50℃左右水浸泡的毛巾洗净乳房及乳头，并对其进行按摩。再用0.1%高锰酸钾液擦净乳房和乳头；挤完奶后，用0.5%碘伏溶液或0.15%～1%洗必太溶液清洗乳房和乳头。对患病牛，除积极治疗外，还要注意反复挤净乳汁，每天挤4～6次有利于痊愈；对一些寄生虫引起的疾病，如奶牛焦虫病，在蜱繁殖季节和放牧之前，可采取贝尼尔（血虫净）每kg体重5～7mL，临用时将水配成7%溶液，臀部肌肉注射；泌乳牛在正常情况下禁止使用任何药物（尤其是抗生素），必须用药时，药残期的牛奶不应作为商品牛奶出售；对高产奶牛易发生的缺钙等病症，可静脉注射葡萄糖酸钙。
6.做好相关业务记录，保存好资料
生产记录，包括产奶量、乳脂率、配种产犊、饲料使用、兽药使用、系谱等；兽医诊疗记录。包括奶牛健康检查，疾病诊疗，防疫、检疫等，做到一牛一档；病、死、淘汰牛记录。包括病牛奶的处理、死亡牛只的无害化处理记录。淘汰牛出售时应抄写或复印有关记录随牛带走。