南北议和用了三个月，待得清帝终于逊位，首都问题就浮上了海面。2月13日，孙中山向临时参议院辞去大总统之职时，就表示要向袁世凯提出“临时政府地点设在南京”和“新任总统必须到南京就职”的附加条件。
很难说参议院没有领会孙大总统的意思，但在第二天，临时参议院以20票对8票的多数通过“临时政府设在北京”的动议。黄兴对此大为光火，发飙说：议院必须赶紧自动翻案，否则我将派宪兵入院，把所有同盟会的议员都抓走！
定都南京，首先碰到的反对者来自同盟会本身，提出“临时政府设北京”的参议员李肇甫，就是同盟会员。比他更有影响的宋教仁，也一度坚持政府设北京，据说还为此挨了马君武一个大嘴巴子。参议院于2月15日推翻了前一天的议案，19票对7票，设临时政府于南京。孙中山马上致电新任大总统袁世凯，特别说明此事，并声称要派专使奉请袁氏“来宁接事”。
孙中山黄兴的用意，可谓司马昭之心路人皆知，无非是“以袁氏难制，欲令迁都江宁以困之”，袁世凯又不是傻子，会那么听话？
这个问题不只是南北之争那么简单。除了孙中山黄兴，以及被他们要求的同盟会员，支持定都南京的人少之又少。最先开声的是革命先驱章太炎，就在孙中山向临时参议院辞职并坚持建都南京的2月13日，《时报》发表了 “章疯子”的宏文《致南京参议院论建都书》，认为建都南京有“五害”：军事战略上不能控制北方，北方文化将益形衰落，政治上有土崩瓦解之忧，难以震慑拥清复辟势力，外国使馆拆迁困难。
孙中山建都南京的公开理由，自己说起来都有些气虚：“今所争要者，但以新国民暂时中央机关之所在，系乎中外之具瞻，勿任天下怀庙宫未改之嫌，而使官僚有城社尚存之感。则燕京暂置为闲邑，宁府首建为新都”，后面不得不补一句“至于异日久定之都会，地点之所宜，俟大局既奠，决之正式国论，今且勿预计也”。意思是形式上我们必须有一个新首都，以表示与满清决裂，将来可以再改嘛――这话更透露出他们，无非是要以六朝南都，困住袁世凯，至于将来，正式大总统也没说一定姓袁哪。
在参议院表决之前，并非没有第三种提议，2月12日，《申报》在《近事杂评》中，提到南北二京之外，还有上海、天津、武昌三种方案，该文作者明显支持“武昌方案”：“惟就南北二者比较之，则江左为偏安之局，北京有建瓴之势，若进而言武昌，则南北两京均局于一偏，而鄂乃为天下中心，由京汉以控制朔北，由粤汉以驾驭两粤，西接巴蜀，东连沿江，各省轮轨交通，水陆利便，而汉口商业之繁盛尤甲全国，恢恢帝都，无逾于此，故考之历史，证之地理，北京优于南京，而武昌尤优于南北两京。”
这项方案深得鄂派人士的欢心。临时政府设在南京，一直认为没有给“首义之地”以足够的地位与荣誉。现在碰上建都这种大讨论，成不成功，他们都很愿意出来搅搅局。
我们不要忘了，2月13日是辛亥年十二月廿六，按照糟糕的“旧俗”，十二月廿七，各报就停刊了，要到新年初五才重新出报。公众的耳目关闭了，于是过年期间政治人物通电激辩首都问题，一般人是不得而知的。待得大家醺醺然过完第一个“旧历新年”，打开初五的《申报》 《新闻报》什么的，才发现，关于新都的讨论已经进入白炽状态。
不出意外，北方各势力统统站在袁世凯一边，北方商人自不必说，生怕国都南迁，北方经济立即一泻千里，连“籍隶南方，旅居各省”的商界“北漂”也力主“临时政府宜北不宜南，”商人代表们的省籍包括云南、四川、浙江、江苏、广东、安徽、福建、江西、湖北、贵州，都是起义的大省。
他们的政府首脑也支持他们的诉求，支持建都北京的地方派，我们可以拉出一个长长的名单：江苏都督庄?宽、安徽都督孙毓筠、浙江都督蒋尊簋、湖南都督谭延?、江西都督马毓宝、福建都督孙道仁、云南都督蔡锷、广西都督陆荣廷、江北都督蒋雁行、浙军司令朱瑞、粤军司令姚雨平、第一军团长柏文蔚、光复军司令李燮和，再加上一个主要“临时政府设北京，将来国都定武昌”的湖北黎元洪，说是举国之公意，亦不为过。
还得加上更重要的一票：各国公使的态度。据《民立报》报道，各国公使不仅公开力挺北京，还指责“今南政府不待各国承认，率以一二人之私见，遽议迁都”，提出“南政府轻视外交，要用正式干涉”，并拟照会外务部。