推进军事物流军民融合式发展是一项及其庞大的系统工程，既涉及国家和政府，又牵扯军队和地方，主体多元，利益交叠，关系复杂。实践证明，军事物流军民融合式发展无论是照搬以往军事物流的发展方式还是地方物流的发展方式都会不太恰当，必须进行彻底的变革。同时，我们必须清醒的认识到，建立崭新的军事物流军民融合式发展方式不可能一蹴而就，新方式建立的过程，创新研究的过程一定是运动的过程，摸索的过程，持续改进的过程，而业务流程再造正是这种持续改进思想的体现。
业务流程再造是20世纪80年代末以来兴起的一场深刻的企业变革运动。这场运动是企业在面临社会经济领域中的剧烈变化和日益加剧的市场竞争，以及不断提高的顾客期望的形势下，为了获得成本、质量和生产率等方面的突破性改进，而对企业业务流程进行的根本性再思考和再设计。通俗的讲，就是进行彻底的变革。因此，作者主张运用业务流程再造的思想对军事物流军民融合式发展进行崭新的设计，建立全新的军事物流军民融合式发展方式。
军事物流军民融合式发展，虽然在近年来提倡较多并取得了一定的成绩，特别是在应急物流领域，但由于领导、协调、考评、监督等机构及职能不够完善，使军事物流军民融合式发展面临着日益增多的矛盾和问题，因此，在体制机制层面，特别是领导体制上实现创新发展，已成为推进军事物流军民融合平稳、持久发展的迫切需要和根本保证。
军事物流军民融合式发展涉及军地双方多个领域、多类资源和多种力量的综合运用，必须建立集中统一、层级分明、权威高效的领导机构(见图1)。
一、建立国家级领导小组
由国务院和中央军委首长担任领导，国务院有关部委和军队四总部、军兵种主要领导参加，主要负责统筹规划军事物流军民融合式发展的各项工作。
国家级领导小组下设办公室、职能委员会和专业机构。办公室由军队系统和地方有关部门工作人员组成，负责处理国家层面军事物流军民融合的日常工作、宏观规划、综合协调、考评监督等。职能性委员会分别由军队系统和地方有关部门相关人员组成，负责履行军事物流军民融合式发展国家级领导机构的相应职能。结合我国国情军情实际，还可抽调军地各专业领域的相关领导、资深专家和知名学者，建立和完善多种专业组织机构，负责国家层面军事物流各保障要素军民融合式发展的计划、组织和管理工作，并就国家层面军事物流军民融合式发展的重大问题提供决策咨询意见。
二、建立区域级领导机构
在国家级领导小组的领导下，建立由地方各级政府主要负责人担任领导，军地相关部门主要负责同志参加的区域级军事物流军民融合式发展领导小组，统一领导区域内军事物流军民融合式发展工作。具体来讲，一是以军区为基础，建立战区级军事物流军民融合式发展领导机构。重点担负纵向承上启下、横向协调的任务，特别是跨省际的与军事物流军民融合式发展相关事宜的组织领导工作。二是在省、市级分别建立军事物流军民融合式发展领导小组，可由一名副省级领导兼任领导小组组长，由省军区、军分区和军兵种驻地部队的主要首长兼任常务副组长。区域级领导小组下设办公室、职能委员会和专业组织机构，由军地双方各有关部门共同派人参加，全面负责该行政区域内军事物流军民融合式发展相关工作的组织领导。
如图1所示，军事物流军民融合发展在全国范围内建立集中统一、层级分明、权威高效的扁平式领导机构，能有效的解决军事物流军民融合式发展领导体制不畅所带来的问题，确保物流过程中指挥统一，资源优化组合。