2011年12月初，“新科”院士的名单相继公布，中国工程院和科学院分别新增院士54名和51名，总规模分别达到了783名和727名之多。 院士身份作为学术精英的最高嘉许，其荣誉效应已经蔓延到了学术之外，科学家们获得的个人光环以其所在的单位、城市和省份为外圆，层层扩散，每一级无不当作喜报来传递。然而，从公布候选名单到最终的尘埃落定，质疑和诟病却也从未远离。
争议从2011年5月便开始了，工程院发布的有效候选人名单当中，中石化董事长傅成玉等央企高管和政府高官赫然在列。虽然经过了两轮评审，“两高”几乎全数落选，但是“官员和企业家俱乐部”的印记一旦刻上，便很难消除。而中国烟草总公司郑州烟草研究院副院长谢剑平的入选，更让工程院受到了社会伦理与道德的拷问。谢的主攻方向号称是卷烟“减害降焦”研究，开发出的“神农萃取液”被指责为“更高效地杀人”。
如果说工程院面临的非议是“这种人也能当选”的问题，那么中科院则因“这种人都不能当选”而受到指摘。
2011年8月，中科院初步候选人名单发布，没有北京大学生命科学学院院长饶毅的名字。随后，他宣布：“从今以后不候选中国科学院院士。”这位呼声最高的科学家在第一轮就落选了。2007年回国之前，他已是美国生命科学界负有盛名的教授，曾任美国西北大学神经科学研究所副所长。
中科院314名有效候选人中，经过各学部院士通讯评审，选出初步候选人145人，再经过各学部院士投票选举，晋升院士行列者，不足1／5。同是从事生命科学研究的“海归”学者施一公虽然进入了候选范围，最终也被淘汰出局。
学术成“圈”
中国科学家的国际竞争力赢弱成为不争事实，“千人计划”的出台也正是基于此而产生。2008年12月，中共中央办公厅转发《中央人才工作协调小组关于实施海外高层次人才引进计划的意见》。海外高层次人才引进计划简称“千人计划”，预计用5到10年，引进并有重点地支持一批能够突破关键技术、发展高新产业、带动新兴学科的战略科学家和领军人才回国创新创业。
以饶毅、施一公等为代表的海外学者归来也正是因势而为的结果。然而，回到故地，国内的学术界却让他们水土不服，院士评选的较量只是让这种不适应得以凸显。施一公角逐院士未果后，饶毅即刻撰文称，6位曾任国外正教授的候选人中，5位回国者皆落选，生物医学部则3人全部出局，院士选举出现“逆淘汰”现象。现任许多院士只有美国大学副教授的水平，落选的施一公、彭家淮等曾在国外担任正教授，个人的学术成果以及发表的论文，比该学部新增选院士的总和还多。他认为，此次生物医学部是公开的、毫无区别地排斥所有担任过海外正教授者。
“院士经过这几年的增选，年轻科学家的比重逐渐增大，一大批年轻院士上来了，但他们在国际上绝大部分是没有地位的，在相当多的年轻院士里，真正的海归不多，他们的博士学位都不是在国外获得的。近年来，高校和科研院所的代际更替已经完成。经过‘文革’的人才断层，40年代出生的人退休之后，50年代的已经相当少了，大部分都是50年代末60年代初的。这些人迅速居于重要的领导岗位，掌握资源较多，在院士候选人中竞争力较强，开始抵制那些从海外回来的人。饶、施的落选，一定程度上是本土科学家与海归科学家冲突的突出事例。”王扬宗说，这种派系的形成不利于中国科研水平的整体提高，虽然院士的投票选举处于程序的约束之下，但是排斥身份上的异己者，却是一种不可言说的默契。
年轻化的院士群体过早荣誉加身，名利双收之余，他们还将未来院士的准入资格掌握手中。投票权背后即是话语权。“年轻的院士今后还有几十年的投票权，他们形成一个圈子之后，饶毅们的入选希望就非常渺茫。”
院士的隐性权力
派别冲突在学术界早已存在，院士评选只是起到了放大作用。两方对垒的背后是两种截然不同的科研导向和治学精神。在学术体制官僚化的引导下，院士头衔不仅代表终身成就，更是一种奇缺资源。一经获得，便拥有了超豪华待遇、经费分配参与权和学术安排话语权。
最高学术殿堂沾染了俗恶之气，身居其中者也开始对院士制度加以批评。前中科院院长周光召院士、科学院院士汪品先等科学界元老就曾表示，院士制度已经成为了阻碍科技创新的因素，来自内部的指责无疑强化了院士身份的公信力危机。
按照规定，院士只是一个荣誉称号，制度上并没有什么特殊待遇，中科院的院士也就是每个月能拿1000块的院士津贴，但是他们的隐性权力却相当大。王扬宗介绍说，上世纪80年代后虽然进行了科技体制改革，但科研经费的分、配、奖金评审、项目申请都没有严格而明确的规范，在制度化缺位的情况下，院士承担了替代性的功能。在很多事情上，行政领导往往会把院士抬出来，组织他们进行经费分配、奖金评审的工作，以显示资源划分的合法性。院士填补了规范化的缺失，但自身权力却变得膨胀起来，没有明确规则的时候，潜规则就大行其道。部分院士成了科技界官僚的利益共同体，他们和所在单位都分到了好处，所以很少能够拒绝。
中国人民大学教授顾海兵也曾指出，政府召开各种咨询会、项目论证会少不了院士；重点科技项目立项审批，973、863项目的运作必须得到院士的支持；国家各种基金项目的评审，各种科研成果评奖、评价更少不了院士。