郑和下西洋的漫漫之旅给后辈们留下许多未解之谜。传说中的大号宝船究竟长得什么样？这样的 “海上巨无霸”是怎样制造出来的？它又是如何航行的？这些都让后人猜测不已。
疑问一：大号宝船是否存在？
据史料记载，在郑和下西洋的船队中，最大的宝船长44丈4 尺，宽18丈，载重量800吨。它的铁舵，需要二三百人才能举动。按照今天的测量方法来看，这艘宝船长将近148米，宽60米。
一些学者认为如此巨型的木帆船在中国明代不可能出现。另外，有专家认为：明永乐年间，朱棣施政办公的大殿―――奉天殿（太和殿），是当时最大的木结构实体，其大小也不过宽63.96米，深37.20米，高35.05米。而大号宝船上仅船楼的面积就大大超过了它，从封建的宗法礼仪上讲，作为宦官的郑和乘坐似乎有僭越之嫌。
实际上在中国古代，宫殿的营造法式是有严格的等级界限的，而舰船则被视为海上的移动城池，属于军事设施的一种，两者并不具备可比性。
对此，专家认为，大号宝船是存在的，但没有出海。大号宝船并不是一种实用的船只，它不应该是下西洋船队中的一员。那么大号宝船存在的意义在哪里呢？专家推测，大号宝船不被郑和使用，但作为皇帝御用的可能性很大。
疑问二：船队是怎样编队的？
郑和下西洋的舰船总数在48到208艘之间。郑和带领的如此庞大的船队在海上究竟如何编队航行的确是一个值得研究探讨的问题。
航行的安全距离取决于海船的航行速度，速度越快距离应该越大，速度越小则相反。就目前的航海技术来看，海上航行时，船与船之间前后左右的距离一般应该保持在大约555米。如果按当时200艘左右的船队来计划，整个船队的编队应该在海面上占据10平方千米的面积。
由于保存下来的历史资料对此基本没有什么记载，所以给考证带来了很大的障碍。有专家推测，郑和下西洋的船队航行是鱼形编队，也有人推测说是燕形编队。但是到目前为止，这些推测都不是历史学家和航海学家得出的定论，还是一个有待考证的问题。
疑问三：庞大船队如何利用风力行进？
中国古代的木制帆船以风力为航行动力，风帆一侧固定于船桅之上，航行者通过调整风帆的角度，以获得最大的风力。古代帆船在中低纬度的海面上航行，季风的作用非常重要。航海者需要对风向的季节性变化规律非常熟悉，按照不同的季节，组织不同的航行，以最大限度地利用不同时间的盛行风，尽量达到顺风航行的目的。但是如何让如此庞大的船队都充分利用到季风，按船队的预定航线行进是很值得研究的问题。
由史料得知：汉代丝绸之路曾经到达斯里兰卡，唐代的商船远达波斯湾（因为地质条件不同，今天的霍尔木兹海峡在当年很浅，唐代的大型海船无法进入，需要更换小船方能登岸）。根据《中国军事史》，元代曾经在20年内调动9900艘战舰（数据源于《元史?琉求传》）攻打东南亚大巽他群岛的爪哇岛。由此可以得知，古代中国水手的技术经过自汉代到明代千年之久的积累，完全有能力完成航向“西洋”的任务。