案例：张某等涉嫌故意伤害案，经审查逮捕后于2011年6月12日由公安机关移送检察院审查起诉，第二次退回补充侦查期间于2011年8月19日又发现犯罪嫌疑人张某还涉嫌强迫交易、寻衅滋事等重要罪行，公安机关遂于当日决定对该案重新计算侦查羁押期限，至2011年10月19日期满前公安机关将该案提请延长侦查羁押期限一个月。经市检察院侦查监督部门审查后未同意提请延长的请求。
对该案是否应重新计算侦查羁押期限，以及是否应延长侦查羁押期限的处理上存在不同的看法，其实质就是对补充侦查期间是否属于侦查阶段的认识不同。一种观点认为不应重新计算，也不应延长侦查羁押期限，即这类情况不应属于侦查阶段，应严格按《刑事诉讼法》有关审查起诉时每次补充侦查的期限为一个月的规定办理；另一种观点则认为补充侦查也属于侦查阶段，当然应适用《刑事诉讼法》有关侦查期间的重新计算和延长的规定。这确实是一个有争议问题，且各地在司法实践中都作法不一。
依据我国现行《刑事诉讼法》第128条规定：在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照本法第124条的规定重新计算侦查羁押期间。这条规定在司法实践中一般被称为重新计算侦查羁押期限。法律及相关司法解释对这一问题采取原则性规定，对该程序的性质、操作方法、流程等到目前为止尚没有直接的文字规定。为此，笔者就法律适用当中存在的不同理解提出自己的一孔之见。
一、对“侦查期间”的不同理解
对“侦查期间”是否包括补充侦查期间的理解。有些学者认为，侦查期间仅限于立案至侦查终结这一段时间。也有一些学者认为，侦查期间包括了补充侦查期间。
基于不同的认识在补充侦查期间发现了新的重要犯罪如何处理就成为一个颇有争议问题。一种观点认为，对此情况应当以检察机关发现漏罪退回补充侦查的情况一样来处理，即在一个月内补充侦查完毕。另一种观点认为，此时可以认为是侦查阶段，即可以按照《刑事诉讼法》第128条的规定重新计算侦查羁押期限，需要延长的也可以再提请延长侦查羁押期限。
重新计算侦查羁押期限是我国1996年修改的《刑事诉讼法》的规定。《刑事诉讼法》与之相关的直接条款只有第128条第1款，间接条款有《刑事诉讼法》第124条、第125条、第126条、第127条和第128条第2款。另外，《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》和《人民检察院刑事诉讼规则》对“另有重要罪行”、侦查机关报请、决定重新计算侦查羁押期限的程序、审查逮捕部门的发现不当的时候纠正程序作了相关规定。
《刑事诉讼法》关于重新计算侦查羁押期限的规定在第二章侦查部分，与一般侦查羁押期限、特殊侦查羁押期限、重大复杂案件的侦查羁押期限、重刑案件的侦查羁押期限等内容规定在同一节中。由此，笔者认为这至少说明两个问题：一是重新计算侦查羁押期限只是侦查过程中可以采取的一项措施，与《刑事诉讼法》规定的相关羁押期限不同，基于此笔者也认同前述《人民检察》杂志认为：补充侦查不能适用重新计算侦查羁押期限的观点。支持这一观点的另外原因，还在于刑事诉讼程序的即立案、侦查、起诉、审判、执行等诉讼程序应当是前后相承、有机结合的，只有法律明文规定可以回复的程序以外。其他诉讼程序都不能随意逆转。补充侦查是提起公诉环节的内容，《刑事诉讼法》关于补充侦查的时限、次数以及审查起诉期限的重新计算都有明确规定，如果对补充侦查适用重新计算侦查羁押期限，将可能随意突破法律关于补充侦查的时间限制。二是《刑事诉讼法》实际上认可重新计算侦查羁押期限是侦查活动中侦查机关(部门)因实际案情获取额外羁押期限的手段，是以时间换取侦查空间的合法方式，并没有在审查决定的程序上设定严格的监督机制。1997年修改刑事诉讼法时这样规定的初衷也说明，《刑事诉讼法》没有对重新计算侦查羁押期限必须由审查逮捕部门决定，告知犯罪嫌疑人的义务以及采取重新计算侦查羁押期限后能否采取延长羁押期限的措施，这也是修订《刑事诉讼法》时对这一系列问题未加以规定的原因。如果认定重新计算侦查羁押期限与一般侦查羁押期限、特殊侦查羁押期限、重大复杂案件的侦查羁押期限、重刑案件的侦查羁押期限等具有共同本质，则不再负有告知犯罪嫌疑人的义务以及重新计算侦查羁押期限后，只要符合延长羁押期限的条件，并经法定决定权的机关或部门批准即可以延长羁押期限。但不能突破法律的规定，不能重复适用上述一般、特殊及重大复杂案件的侦查羁押期限。而重新计算侦查羁押期限的决定权由侦查机关(部门)行使而不是像一般侦查羁押期限等的决定权由检察机关行使的主要原因在于，一般侦查羁押期限等的决定权是基于逮捕强制措施的审查批准权的后续延展，重新计算侦查羁押期限以犯罪嫌疑人已经逮捕被限制人身自由为前提，不存在社会危害性。在另有重要罪行的前提下，为新的罪行争取到的侦查空间，因此在保障侦查与保障公民人身权利之间，《刑事诉讼法》的立法者已将天平倾向了前者。
一个人在没有交付审判之前就可能已经因反复重新计算、延长侦查羁押期限而失去人身自由长达一年、几年之久，假如某一天将行为人交付法院审判，最后的结果是无罪释放，他将获得国家的巨额赔偿，像赵作海、余祥林那样历经数年后得以平反昭雪，最后面临的却只有安度晚年。但所有的一切都已物是人非，该行为人的命运从某种程度上说早已受到非正式的无形审判，这对于曾长久身陷牢笼的犯罪嫌疑人又如何谈得上公平正义呢?因此这样的待定状态应在一个合理的期限内完成，应当由法律对此加以明确规定。
二、对重新计算侦查羁押期限的案件是否可以延长羁押期限的理解
《刑事诉讼法》第128条规定发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第124条的规定重新计算侦查羁押期限，该条并没有提及到依照第126条、第127条的规定。如果所发现的新罪符合有《刑事诉讼法》第126条、第127条规定的可以延长侦查羁押期限的情形，而且事实上侦查机关依照第《刑事诉讼法》124条也已经延长了一个月侦查羁押期限，而案件仍未能终结，此时在是否应当再次延长侦查羁押期限的问题存在着两种争论。第一种观点认为，《刑事诉讼法》第128条当中只是提及到依照第124条的规定重新计算侦查羁押期限，因此，对于所发现的新的犯罪的侦查时间最多只能是三个月，即使新罪有符合《刑事诉讼法》第126条、第127条当中的延长情形也不能再次延长。第二种观点认为：应当根据所发现的新罪的实际性质，如果有符合《刑事诉讼法》第126条、第127条两条当中的延长情形，那就可以延长。因为我国现有的侦查技术和水平还比较落后，相应的延长羁押期限是合理的；而且，《刑事诉讼法》没有规定，并非就代表着禁止。笔者认为：重新计算侦查羁押期限对侦查机关可以说是提供了极大的便利，但审判前的羁押应是一种意外，并尽可能的短暂。如何在“打击犯罪”与“保障人权”之间寻求平衡，《刑事诉讼法》第128条只规定依照第124条重新计算侦查羁押期限是有其目的的，那就是要求侦查机关提高侦查效率，避免对犯罪嫌疑人过长的审前羁押。司法实践当中，办理重新计算侦查羁押期限的案件，不能依照《刑事诉讼法》第126条、第127条的规定延长侦查羁押期限。因为在第一次由于发现另有重要罪行对行为人重新计算侦查羁押期限后，该行为人将在一个较长时间内被采取了强制措施，这已经能够充分保证对最新发现罪行的侦查，完全实现了刑事诉讼强制措施是为保证刑事诉讼顺利进行的目的。
依上所述，笔者认为：全国人大在修订《刑事诉讼法》时对补充侦查是否属于侦查阶段，以及重新计算侦查羁押期限的次数予以立法上的明确。