作为中国干扰素研究的第一人，早在上世纪60年代末70年代初，刘新恒院士便已成功研制干扰素诱导物polyl：polyC；作为我国干扰素研究中的最大贡献者，他发现了对全球都很重要的超级干扰素。并于2005年主持了在全球很有影响力的国际干扰素和细胞因子大会。
刘新垣最近工作为抗癌研究，因为癌症治疗是国际上的重大问题，他是这方面已做出较大贡献，主要有下面两点：
(一)他与四川辉阳公司共同发明一种I型超级干扰素。干扰素过去分为α、p、y，现在改称干扰素为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型。I型干扰素包括α、β、ε、ω、Κ、δ、τ，共17种亚型，我们发现的超级干扰素(Super Interferon)属于l型，故他们称之为slFN-I。它的抗病毒能力超群，抗SARS(非典)能力比lFNa-2b高40倍左右，抗H5N1能力高约20倍，抗HlV能力高约1000倍，还能抗Ebola病毒，在美国国防部P4实验室所做实验结果，感染了Ebola病毒的小鼠，用很多药物(包括lFNa-2b)治疗均无效，但用slFN-I治疗者，有50％以上的动物能得到保护而存活，故美国曾派代表团来华商谈合作。slFN-I治疗乙肝，已进入Ⅲ期临床研究，且其临床治疗乙肝疗效比lFNα(-1b大5倍左右，尤其重要的是slFN-I还有非常好的抗癌作用，lFNa-2b因它有增强免疫功能作用，因此可作癌症治疗的二线药，即辅助药，但slFN-I可以作为一线直接抗癌药物使用，因为它能直接使癌细胞的凋亡，又能增强免疫作用和抑制癌症的新生血管生成作用，在成都slFN-l的临床抗癌研究基地，发现slFN-I能直接使病人肿瘤缩小。有一位60多岁的肠癌女病人，曾经手术切除，任何癌症在切除后，都要用化疗消灭残余癌细胞，但她还患有高血压、冠心病、肾病，严重糖尿病，不能用化疗，只有slFN-I治疗(21ug隔天一次)单独治疗，用了8个月，经检查，肿瘤无复发，因有抗体产生，停用半年，躲过抗体生存期后，又用21ug治疗8个月，发现痊愈了，以后跟踪2年，仍无复发，肠癌全好了。
刘新垣于1969-1970年研制成功干扰素诱导物polyI：polyC，是中国干扰素研究的第一人，2005年他主持了在全球很有影响力的国际干扰素和细胞因子大会，现在又发现了对全球都很重要的超级干扰素，应该说他是我国干扰素研究中的最大贡献者，也是在全球干扰素研究很有影响力者之一。
(二)刘院士是“癌症的靶向基因一病毒治疗(Cancer Targeting Gene-Viro-Therapy，CTGVT)”的奠基人。
他于1999-2001年创造了CTGVT策略，2001年正式发表此策略，2003年发表了大量数据，CTGVT是将抗癌基因插入到溶瘤病毒(Oncolytic Virus，OV)中而成，即OV-gene。刘教授是全球发表此策略的第二或第三人，但他是坚持此策略10年不变的全球唯一的科学家，发表SCI约70篇论文，其中完全消灭移植性癌症者有8篇。如图一。故刘新垣是CTGVT策略的奠基人。
两个CTGVT为ZE55-TRAlL及ZD55-MnSOD,纵坐标为肿瘤大小，横坐标为时间(周)，两个CTGVT联合使用，在第8周，则移植性肿瘤全部消灭光，不再复发。
基因治疗(简称Ad-gene)，2009年被Science杂志评为全球十大成果之一，因为基因治疗对单基因遗传病治疗有极好的疗效，但它对多基因病如癌症的治疗，则不理想，远不如CTGVT(OV-gene)的抗癌效果。Ad是一种无靶向性，无复制能力的腺病毒，而OV是一种能靶向癌症又能在癌细胞中复制的溶瘤腺病毒，由于OV能在癌细胞中复制数百倍，而插入其中的抗癌基因也能复制数百倍，故抗癌作用大增，按抗癌效率评估，OV-gene>>Ad-gene，这就是他们能发表8篇文章能全部消灭移植性癌症的原因，图一只是其中之一例而已。
现在CTGVT(OV-gene)的抗癌研究声望就很高，2011年1月全球生物技术巨头Amgen花10亿美元，买了一个OV-gene概念产品OncoHSV-GM-CSF，其OV来自疱疹病毒(HSV)叫OncoHSV，插入了GM-CSF基因，2011年9月OncoPox-GM-CSF，因为临床Ⅲ期可静脉注射，抗癌效果又好，故发表在Nature，他作为CTGVT(OV-gene)的奠基人，当然十分高兴，且他说他们将来的产品肯定会比OncoHSV-GM-CSF或OncoPox-GM-CSF的抗癌效果更好，请大家拟目以待。
他把超级干扰素及CTGVT(OV-gene)策略看作是两大抗癌明星，现在有投资者看好这两大抗癌明星有非常好的抗癌前景，愿投资12亿元进行开发生产，打造抗癌中心，希望在刘院士成功时，癌症患者的疗效会大大提高，有更多癌症患者生命得救。