1928年6月3日，黎元洪因脑溢血去世，享年65岁。时正被国民党当局通缉而蜗居上海的章太炎闻讯，顿感“地坼天崩”，即去电致吊，并在沪为其设奠。他为黎写了一副时人为之震骇的挽联：“继大明太祖而兴，玉步未更，佞冠岂能干正统；与五色国旗俱尽，鼎湖一去，谯周从此是元勋”，下署“中华民国遗民章炳麟哀挽”。品评黎元洪继承明太祖大业，“首倡大义”，创建中华民国，认为黎氏去世，中华民国亦将随之“俱尽”，自己因此亦即将成为“中华民国遗民”。这既反映了章太炎对南京国民政府的极度失望和极为强烈的不满，也表明章太炎高度评价黎元洪在创建民国、维护民国“法统”方面的历史功勋。
黎死去五年后，1933年，章太炎为黎元洪的灵柩即将迁葬撰写了洋洋七千余字的《大总统黎公碑》，备述黎一生经历，突破国民党正统史观，对黎元洪在结束中国两千多年君主官僚专制制度、创建和坚持中国现代共和制度这一伟大变革中的历史功勋、历史地位，给予了高度肯定的评价。碑记历数黎元洪的主要贡献：
一、武昌革命军起，被推举出任中华民国军政府鄂军大都督。他要求必须“无略财，无妄杀”，迅速稳定了局势。因黎元洪“厚重知兵”,故“军政虽纷，纪律未尝乱，南方诸革命军尝更起迭仆，及是竟以集事”。
二、“鄂府储金多，富兵仗，滨江诸省欲有事者，即赋予之，无所吝。至十月,南方十一省与山西、陕西次第反正，皆遣使来，推公为中央大都督陆海军大元帅。”起义各省因此得以统一行动。
三、袁世凯遣唐绍仪来议和，黎元洪任命伍廷芳为起义各省代表，南北议和由足开议上海。
四、孙中山自海外归来，起义各省代表商定以江宁为首府，成立中华民国临时政府，推举孙中山为临时大总统，黎元洪当选中华民国，临时政府副总统。
五、1912年2月，清帝逊位，临时参议院推举袁世凯为人总统，黎元洪仍任副总统。“当是时,南北瓦合，虽选袁公，非其意，袁公亦介北洋军威重，以南士薤果不肯亲，公弥缝其间，卒不效。”
六、1913年春，袁世凯主使暗杀宋教仁于上海，南北凶凶。其夏，江西、安徽、湖南、广东四都督被袁世凯罢免，皆起兵杭袁氏。未一月败。黎元洪素善湖南都督谭延?，及湘上主起兵者谭人凤，又武昌倡义人也，为解说令罢兵，故延等得免于难。时义者多病黎持两端，黎以为大总统非犯叛乱不得与校。他主张法律解决，不赞成武力解决，认为这将有损于新建立的共和国的稳定发展。
七、1913年秋，袁世凯被选为正式大总统，黎仍被选为副总统。时孙、黄已亡命，袁世凯视天下无与己“伉”(抗)者，独惮黎得南方心，“百计胁之入京师，馆于瀛台”，黎元洪“阳与和叶，而内深自为计”。
八、1915年袁世凯图谋复辟帝制，封黎元洪为武义亲王，黎元洪坚决拒其册封及其俸禄，誓曰：“半亥倡义，踣军民无算，非为一人求官禄也，诸君如相迫，即立触柱死矣。”袁氏乃不敢逼。
九、护国战争中，袁世凯在众叛亲离申离开人世，黎元洪继任为大总统，宣布恢复《临时约法》。
十、1917年，张勋以清废帝复辟，黎元洪密令恢复段祺瑞国务院总理职务，令段起兵讨贼，重建共和。但以自己失误，辞大总统职务，而以副总统冯国璋摄。
十一、1922午夏，直系、奉系军阀相持不下，黎元洪再次出任大总统，下直奉战争停战令，复召集旧议员促制宪法。1923年在直鲁豫巡阅使曹锟威逼下，东去日本别府，数月后退隐天津。
十二、黎元洪退隐天津后，从事实业。作为实业家,黎元洪是发展中国近代工业与对外开放的实践者，他先后投资的企业计有四十五家，其中银行十七家、煤矿六家、工厂十二家。这一点，章太炎碑记中未及。
以上各点，所述都是事实，并非?墓之词。
碑记中还历数黎元洪早年从军，修治江宁、江阴炮台，教练湖北新军，三赴日本考察军事，任第二镇镇统，任二十一混成协统领兼管马炮工辎各队并提调兵工钢药两厂，监督武中学堂，会办陆军特别学堂，统楚字兵船六、湖字雷艇四等经历，指出黎元洪“凡两主大操，指挥中度，声藉甚。治军严仁，不滥费军需一钱，有余，即以逮士卒，故所部军装整振，绝于他军。平居卧起皆准军号，不妄先后，夜必宿军中，虽遇岁时不移。教士剀至，唯恐不尽其才。尤敬士大夫，一方归心焉”。说明武昌起义后他被拥戴为大都督绝非偶然。
黎元洪在武昌首义之后被革命党人推举为中华民国中央第一大都督，又作为陆、海军大元帅代行大总统职权，其后三任副总统、两任大总统。他在建立和坚持共和政体、主张军民分治、倡导“废督裁兵”、反对军人专权等方面一直有其坚守，亦因此，他反对袁世凯复辟帝制，断然起用自己的政敌段祺瑞镇压张勋复辟。这些事实表明，黎元洪外柔而内刚，并非政治上专门投机的政客，更不是一无主见的傀儡。多年来，在国民党正统史观影响下，对黎元洪的评价经常负面大于正面。章太炎的碑记足以证明，他对黎元洪是有着深度了解的。当然，在碑记中，也不难找到若干为黎元洪曲为回护的字句，但这一碑记力图以事实表达对国民党正统史观的抗议，则是非常明显的。从这里我们也可以更深刻地体会到要实事求是地还历史以本来面目，必须超越个人的、派别的、集团的狭隘利益的局限，从近代以来中国、中华民族、中华文明大变革的全局，给人物与事件以准确的定位。