水利工程带来的环境问题千变万化，但只要没达到极度恶化的程度，就总能找到解决办法。水利工程能否带来环境效益，能否把对环境的负面影响降低到最低限度是衡量水利工程建设成败的重要标志之一。因此，必须充分发展和应用现代科学技术，深入研究自然与生态的平衡机制，研究人类改变自然时对生态的近期和长远的影响。
1.水利水电工程对自然环境的影响
1.1对气候的影响 一般情况下，地区性气候状况受大气环流所控制。在修建大、中型水库及灌溉工程后，原先的陆地变成了水体或湿地。人工湿地的形成，对局部小气候会产生一定影响，使局部地表空气变得较湿润，使当地气候得以改变，无霜期延长，温差缩小，降低了最高气温，增加了湿度。研究表明，水面上空空气的透明度比成片的房屋群高出8％~10％，水面上空紫外线辐射比陆地高出30％，水库或水域上的气温在炎热季要降低4℃~5℃，相对湿度提高10％~15％。
1.2对水文的影响 水库修建后改变了下游河道的流水过程，从而对周围环境造成不同程度的影响。水库不仅存蓄了汛期洪水，而且还截流了非讯期的基流，会使下游河道水位大幅度下降，甚至出现断流现象。
1.3泥沙淤积问题 水库的淤积形成主要来源为：从汇水流域进入水库的泥沙；由于库岸的改变、库岸坡上不同的重力作用等产生的入库泥沙；由于水中悬移质沉降、淤积成为库底沉积物。
1.4对地质的影响 水库蓄水后，由于侵蚀作用和堆积作用，在新的水边线地带形成了新的库岸。从地质、地球化学和生态过程角度分析，库岸可分为冲蚀型库岸、三角洲库岸、淤积盐岩型、漂浮泥炭型、贝壳泥炭型等多种类型。修建大坝后形成不同类型的库岸可能会触发地震、滑岸、滑坡等不良地质灾害。
2.水利水电工程对社会环境的影响
2.1移民的问题 修建大型水库，因淹没面积大，库区内部分群众、工矿企业都要进行搬迁，许多建筑物都要拆除。这样就会引发许多社会问题，如群众向哪里搬迁，指定搬迁地能不能接受外来人员，搬迁群众能否适应新的环境，工矿企业在哪里选址，是否能适应企业的生产和发展，待业人员增加、如何安置等问题。
2.2对人群健康的影响 居住地建筑物大面积拆除后，很大程度上可能引发瘟疫、伤寒、疟疾。细菌性痢疾、霍乱、血吸虫病等，会直接或间接地影响水环境。
2.3对文物的影响 我国地大物博，历史悠久，文物古迹多。水库库区淹没可能对文物和景观带来影响。
3.对于水利工程对环境影响的补救措施
3.1对能源的开发 不可仅仅盯着眼前的、局部的经济利益，而应该着眼长远，对整个生态系统负责。应按照“大水利”思路制定总体规划，彻底改变“技术经济最优”的工程目标。工程项目的选择、建设和运营都要真正体现生态效益、经济效益、社会效益的统筹兼顾。
3.2完善有关法律 在不宜进行水电项目建设的自然保护区、风景名胜区、地质公园、森林公园、生态功能区以及其他需要进行保护的区域内，划定保护河段和保护流域区，禁止进行水电工程建设和其他大型工程建设。应真正把加强生态建设与环境保护作为根本点和切入点，对严重破坏和影响生态环境、国家自然保护区、国家风景名胜区和世界遗产的水电建设项目，应该重新进行评估和审查。
3.3因地制宜，确定适当的开发目标 过去的水力资源规划，按照流域梯级开发模式，往往追求100 %的开发率。由于移民和耕地的补偿费用会越来越高，因此考虑社会稳定和保护耕地资源，在规划时应因地制宜，选择适当的开发目标，对于移民和淹没耕地少、生态环境问题少的河流，可以100%开发。对于移民和淹没耕地多、生态环境问题大的河流，可以放弃部分河段的开发。参照多数发达国家的经验，水电资源平均开发率为70%～80%是可行的。
社会经济发展需要水资源支撑，水资源的有效供给要求有足够的水利工程作保障。既不能因为水利工程会带来不利影响而因噎废食，停止治理开发，也不能以破坏生态环境为代价。坚持工程建设与生态保护并重，把侧重工程措施转变为工程措施、生物措施以及依靠自净和自然修复并举。加强科学管理，改进和完善水利工程的规划和设计技术；改变和调整开发利用自然资源的技术手段，使水利工程在满足人们对水的种种需求的同时，还能兼顾生态系统健康性的需求，实现水利工程与生态环境的协调健康发展。