“结构”一词，本意是指工匠筑室造屋所立的间架，后用来指作品内部的组织构造和总体安排，其实质是作者主观思路与事物客观逻辑性相结合的产物。魏晋南北朝论体文之结构严谨，变化多样，是借助结构要素形成的。关于文章结构要素的论述，刘勰《文心雕龙?熔裁》与《附会》多有涉及，引述如下：
刘勰《文心雕龙?熔裁》曰：
情理设位，文采行乎其中。刚柔以立本。变通以趋时。……是以草创鸿笔，先标三准：履端于始，则设情以位体；举正于中，则酌事以取类；归余于终，则撮辞以举要。然后舒华布实，献替节文，绳墨以外，美材既斩，故能首尾圆合，条贯统序。
《文心雕龙?附会》曰：
何谓附会?谓总文理，统首尾，定与夺，合涯际，弥纶一篇，使杂而不越者也。若筑室之须基构，裁衣之待缝缉矣。……凡大体文章，类多枝派，整派者依源，理枝者循干，是以附辞会义，务总纲领，驱万途于同归，贞百虑于一致。使众理虽繁，而无倒置之乖，群言虽多，而无棼丝之乱；扶阳而出务，顺阴而藏迹，首尾周密，表里一体，此附会之术也。夫画者谨发而易貌，射者仪毫而失墙，锐精细巧，必疏体统。故宜诎寸以信尺，枉尺以直寻，弃偏善之巧，学具美之绩，此命篇之经略也。
此处虽非专言论体文之结构要素，但毫无疑问包含着论体文。可以提炼出三组结构要素：“情理设位”，“先标三准”，“统首尾”所言乃顺序性要素；“条贯”“缝缉”“合涯际”“圆合”所言乃联结性要素；“刚柔相济”“舒华布实”“定与夺”是对比性要素。三者相互贯通，互动互补，共同构成文章结构，使之层次分明，组合严密，参差变化，波澜曲折。
一、顺序性结构要素
客观事物都是按照一定顺序组合排列的，文章结构的搭建亦有赖于顺序性要素。材料与观点的杂乱无章，必然无法形成条理清晰的论体文。宋代陈傅良在《止斋论决》中指出：“凡为论，未举笔之前，而一篇之规模已备于胸中，凡结尾，当如何反复，如何议论，已寓深意于论首。故一论之意，首尾贯穿，无阙断处，文有余而意不尽。”他强调作论之前要对论之结构有宏观把握，要做到首尾贯穿，无阙断处。也就是说，既要做到“言有意”，又要做到“言有序”。刘勰所谓“体必鳞次”，即指文章之结构需层次分明，排列有序。清代陈沣在其《东塾集?复黄芑香书》中有详细论述：
伦者，今日老生常谈，所谓层次也；脊者，所谓主意也。夫人必其心有意，而后其口有言，有言而其手书之于纸上，则为文。无意则无言，更安得有文哉!有意矣，而或不止有一意，则必有所主，犹人身不止一骨，而脊骨为之主，此所谓有脊也。意不止一意，而言之何者当先，何者当后，则必有伦次。既止有一意，而一言不能尽意，则其浅深本末又必有伦次，而后此一意可明也。
此言以意为文章主线，一切材料皆为了突出主旨。对论体文而言，其意即贯穿全文之理。在言理的过程中，需要贯之以一定的顺序。
一线穿珠式是六朝论体文常用的结构顺序，其“线”即文章之意，其“珠”则指文章或层层深入或九曲连环的每一环节。清代唐彪“文章诸法”之“分总”日：
时艺有从一意中推出第二层，又从二层中推出第三层者，此名一层进一层。如……古文中有一层推出三四层者。苏子瞻之势论《王者不治夷狄论》是也。此其法不在能进而在能留。能一层留一层，斯能一层进一层也。此决人所不易知，亦能文者所不肯与人言也。
此为层层推进穿珠式，其特点是作为论据的材料之间不是并列关系，其先后顺序不能颠倒，它们前后意理绾联，或顺接，或逆接，一步步向前推进。这种结构顺序在证明式结构、归结式结构中用的较多。
在问对型论体文中，其问，不管是或问，还是客问，皆为贯穿全文的“线”，其答则为一粒粒“珠子”，其间有层层推进的，也有九曲连环，甚至也有穿成珠花的，变化多样。如设论体，其表层结构为假设宾主问对式，但其深层结构则为起承转合式，董玄宰《文决》论“转”曰：“文章之妙全在转处。转则不穷，转则不板。如游名山，至山穷水尽处，以为观止矣。俄而悬崖穿径，忽又别出境界，则眼目大快。武夷九曲，遇绝则生。若千里江陵直下奔迅，便无转势矣。文章随题敷衍，开口即竭，须于言尽语绝之时，别行一路。”余元熹评《声无哀乐论》曰：“以无碍辩才，发声律妙理，回旋开合，层折不穷。如游武夷三十六峰，愈转愈妙，使人乐而忘倦”，着眼于其结构之回环曲折，开合有度。
双链并行式结构顺序指的是一个论点，两条线索，相互交织，错综复杂。德国学者将这种结构称为“链体结构”，并指出“链体结构以一个二元的修辞部分开头。这一修辞部分沿着并置的互补性对立面展开，通过有关它们的陈述的对偶指出它们相似的结构，并且达到一般性的结论”。这种结构在六朝论体文中多有运用，如嵇康《释私论》曰：
夫称君子者，A1心无措乎是非，B1而行不违乎道者也。何以言之?A2夫气静神虚者，心不存于矜尚；132体亮心达者，情不系于所欲。A3矜尚不存乎心，B3情不系于所欲，故能越名教而任自然；故能审贵贱而通物情。B4物情顺通，故大道无违；A4越名任心，故是非无措也。是故A5言君子，则以无措为主，以通物为美；B5言小人，则以匿情为非，以违道为阙。
文段第一句提出论点，君子要具备两方面素质，“心无措乎是非”，“行不违乎道”，之后以此为双链之始，分别论述，即A1 A2-A3-A4与B1-B2-B3-B4，值得注意的是双链并非至始至终为并列结构，而是有交叉，A3-B3之后变为B4-A4，出现变化，使之不单调。最后以“是故”引出结论，照应开头。
再如慧远《沙门不敬王者论》其五《形尽神不灭》曰：
神也者，图应无生，妙尽无名，A1感物而动，B1假数而行。A2感物而非物，故物化可不灭；B2假数而非数，故数尽而不穷。A3有情则可以物感，B3有识则可以数求。134数有精粗，故其性各异；A4智有明?，故其照不同。推此而论，则知化以情感，神以化传，情为化之母，神为情之根。
此结构与上文有相似之处，但在结论部分将双链合一，归结到“神”上。
链体结构开启了一种空间化地组织陈述的方式，A1-B1，A2-B2，A3-B3，A4-B4，A5-B5是平行结构，A1-A2-A3-A4-A5，B1-B2-B3-B4-B5则为垂直结构，在A与B的核心观念之间具有互补对立的关系，二者纵横交错构成一个完整浑融的整体。这种结构顺序打破了常规的线性结构，旨在建构复杂的高度结构化和形式化的结构，其运用使六朝论体文的结构更加谨严，富有缜密的逻辑美与整齐的建筑美。
二、联结性结构要素
在顺序性结构要素将论体文的结构顺序确定后，联结性结构要素则联句成段，联段成章。联结的方式有两种，或是直接的联结，古人称为“过文”，强调其过渡性的价值；或是间接性的联结，古人称为前后“伏应”或首尾“呼 应”，强调它们间的互文性或互动性的价值。
先谈直接联结，唐彪《读书作文谱》有“过文”法，曰：“过文乃文章筋节所在，已发之意赖此收成，未发之意，赖此开启。此处联络，最宜得法，或作波澜，用数语转折而下。或止用一二语，直捷而渡，反正长短，皆所不拘。总要迅疾矫健，有兔起鹘落之势方佳也。不然，虽前后文极精工，亦减色矣。”吕祖谦《论学绳尺?论决》曰：“看论须先看立意，然后看过接处。论题若玩熟，当别立新意说，作论要首尾相应，及过处有血脉。论不要似义，方要活法圆转，论之段片或多，必须一开一合，方有收拾。论之缴结处须要着些精神，要斩截。论之转换处须是有力，不假助语而自接连者为上。若他人所详者我略，他人所略者我详。”此乃经验之谈，然而要在创作中做到却又不易。
虚词常常成为直接联结的标志。刘师培指出：“古人文章之转折最应研究，第在魏晋前后其法即不相同。大抵魏晋以后之文，凡两段相接处皆有转折之迹可寻，而汉人之文，不论有韵无韵，皆能转折自然，不著痕迹。……然自魏晋以后，文章之转折，虽名手如陆士衡亦辄用虚字以明层次。”陆机是运用虚词进行结构联结的高手，以其《五等论》为例，文曰：
汉矫秦枉，大启侯王，境土逾溢，不遵旧典。故贾生忧其危，朝错痛其乱。是以诸侯阻其国家之富，凭其士民之力，势足者反疾，土狭者逆迟。六臣犯其弱纲，七子衢其漏网；皇祖夷于黥徒，西京病于东帝。是盖过正之灾，而非建侯之累也。然吕氏之难，朝士外顾；宋昌策汉，必称诸侯。
以“故”“是以”“是”“而”“然”联结，使其文在浓墨重彩中时有疏朗劲利之气产生，逻辑严密，一波三折，此自得益于虚词之联结。
范晔《后汉书》传论亦常用虚词联结，《后汉书?袁术传》论曰：
天命符验，可得而见，未可得而言也。然大致受大福者，归于信顺乎!夫事不以顺，虽强力广谋，不能得也。谋不可得之事，日失忠信，变诈妄生矣。况复苟肆行之，其以欺天乎!虽假符僭称，归将安所容哉!
文段以关联词联结句意，或转折、或顺承、或推移、或过渡，使文脉曲折，使情感在波澜起伏中渐次升腾。
间接性结构联结则主要是首尾呼应与前后伏应。元人倪士毅在《作文要决》中曰：“要是下笔之时，说得首尾照应，串得针线细密，步步思量主意，句句排得明紧，教他读去顺溜。又大概文字全在呼唤，有时数句全在数个字挑剔得好，须是十倍精神，自此之外，又有一项法度：一篇之中，凡有改段接头处，当教他转得全不费力，而又有新体，此虽小节，亦看人手段。”首尾呼应，方使文章圆合一体。刘师培评嵇康之论日：“观其《养生论》、《声无哀乐论》等篇，持论连贯，条理秩然，非特文自彼作，意亦由其自创。其独到之处一在条理分明，二在用心细密，三在首尾相应。果能得其胎息，则文无往而不达，理虽深而可显。”此处特别指出嵇康之论首尾呼应的特点，其《养生论》开头曰：“夫神仙虽不目见，然记籍所载，前史所传，较而论之，其有必矣。”结尾曰：“若此以往，恕可与羡门比寿，王乔争年，何为其无有哉?”羡门与王乔均得道成仙之人，照应开头神仙可学。首尾呼应在其他人的论作中亦为常见，如韦昭《博弈论》开头日：“盖君子耻当年而功不立，疾末世而名不称，故曰：‘学如不及，犹恐失之。’”结尾曰：“假令世士，移博弈之力用之于《诗》、《书》，是有颜、闵之志也；用之于智计，是有良、平之思也；用之于资贷，是有猗顿之富也：用之于射御，是有将帅之备也。如此则功名立而鄙贱远也。”首尾均扣到“功名”上，难怪方伯海曰：“功名二字，是篇中眼目。”
前后伏应以自然无痕为高妙。唐彪曰：“若周、秦、汉古文，其照应有异，多在闲处点染，不即不离之间，超脱变化，虽然，若时艺又不可以周秦古文之法律之。”方东树《昭昧詹言》曰：“譬名手作画，无不交代蹊径道路明白者。然既要清楚交代，又不许挨顺平铺直叙，?蹇冗絮缓弱。汉、魏人大抵皆草蛇灰线，神化不测，不令人见。苟寻绎而通之，无不血脉贯注生气，天成如铸，不容分毫移动。昔人譬之无缝天衣，又曰：‘美人细意熨贴平，裁缝灭尽针线迹。’此非解《六经》及秦汉人文法，不能悟人。”所谓“草蛇灰线”，多指叙事技法，注此写彼，伏脉千里，使行文有波澜，有悬念，增加文章结构的变化。在魏晋南北朝论体文中亦不乏此类写法。嵇康《养生论》其主旨为神仙纵出自然，养生可学，全文围绕节情欲以养性，节饮食以养身，二意一串写下，或分或合，笔势连属不断。文日“故修性以保神，安心以全身，爱憎不栖于情，忧喜不留于意，泊然无感，而体气和平”，留下伏线，后文承此而来，曰：“夫悠悠者既以未效不求，而求者以不专丧业，偏恃者以不兼为功，追术者以小道自溺，凡若此类，故欲之者万无一能成也。善养生者则不然矣。清虚静泰，少私寡欲，知名位之伤德，故忽而不营，非欲而强禁也。识厚味之害性，故弃不弗顾，非贪而后抑也。外物以累心不存，神气以醇白独著，旷然无忧患，寂然无思虑。又守之以一，养之以和，和理日济，同乎大顺。然后蒸以灵芝，润以醴泉，唏以朝阳，绥以五弦，无为自得，体妙心玄，忘欢而后乐足，遗生而后身存。”先言不善养生者，之后自然过渡到善养生者，对前面所言“修性以保神，安心以全身”进一步申论，分两个方面论述，一则“清虚静泰”，二则“少私寡欲”，前者养其内，后者养其外。如此自然能够达到养生的目的。联结自然，而伏脉千里。诚如林纾《春觉斋论文》日：“无意阅过，当是闲笔，后经点眼，才知是有用者。武林九溪十八涧之水，何尝一派现出溪光?偶经一处，骇为明漪绝底，然实不知泉脉之所自来；及见细草纤绵中，根下伏流，静细无声，方觉前溪实与此溪相续。可见用伏笔，是阳断而阴联，不是伏下此一处，便抛却去经营彼处。”
三、对比性结构要素
“当结构排列为一定的顺序，并联结成为一个整体的时候，它的另一个问题是以对比或比例的原则，加强自身的节奏感、韵律感，给结构增加富有魅力的生命形式。”六朝论体文对比性结构要素主要包括详略、抑扬、顿挫、开合等。
刘勰所言的“定与夺”是指文章结构中用事的取舍与行文的疏密，也就是详与略。毛樨黄曰：“详略者，题入手，栽之以识，洞见巨细。巨详细略，尤细者去之，无烦涉笔。又或略其巨，详其细，琐琐而不厌。恒情熟径，我其舍之，斯神化之境矣。”柴虎臣曰：“详略者，要审题理之轻重为之。题理轻者宜略，重者宜详。”也就是说要根据主旨的表达决定行文的详略疏密。陆机的《辩亡论》中，赤壁破曹是江东兴亡所系，陆机写道：
魏氏尝藉战胜之威，率百万之师，浮邓塞之舟，下汉阴之众，羽楫万计，龙跃顺流，锐骑千旅，武步原隰，谟臣盈室，武将连衡，喟然有吞江浒之志，一宇宙之气。而周瑜驱我偏师，黜之赤壁，丧旗乱辙，仅而获免，收迹远遁。
以浓墨重彩写魏军之气势，颇多夸张之 辞，写吴军却惜墨如金，抓住“丧旗乱辙”这一细节，便将魏军兵败后逃跑的狼狈情景再现眼前。详略之安排凸显了作者之用意，前面大肆渲染魏之兵多将广，原是为写吴铺垫，如此强盛之军为吴之“偏师”击得落花流水，不必正面写吴之强，一“仅”一“远”，吴军之精锐英勇显现毕尽。
关于抑扬，刘熙载在《艺概?经义概》中将其细分为四，曰：“抑扬之法有四：曰：欲抑先杨，欲扬先抑，欲抑先抑，欲扬先扬。沉郁顿挫，必于是得之。”唐彪《读书作文谱》论抑扬法曰：“凡文欲发扬，先以数语束抑，令其气收敛，笔情屈曲，故谓之抑。抑后随以数语振发，乃谓之扬。使文章有气有势，光焰逼人。此法文中用之极多，最为紧要。”所谓顿挫，唐彪称其“文章无一气直行之理。一气直行则不但无飞动之致，而且难生发。故必用一二语顿之，以作起势；或用一二语挫之，以作止势。而后可施开拓转折之意，此文章所以贵乎顿挫也。”也就是说，抑扬与顿挫实无二义，二者皆可从对立之中生出新意，使文章结构形成波澜起伏之势。魏禧在《日录论文》中指出：“文之感慨痛快淋漓驰骋者，必须往而复还。往而不还则势直气泄，语尽味止。往而复还，则生顾盼，此呜咽顿挫所从出也。”范晔《后汉书?明帝纪论》曰：
明帝善刑理，法令分明。日晏坐朝，幽枉必达。内外无?曲之私，在上无矜大之色。断狱得情，号居前代十二。故后之言事者，莫不先建武、永平之政。而钟离意、宋均之徒，常以察慧为言，夫岂弘人之度未优乎?
论只就“善刑理”一事言之，正可见出明帝之为“明”处，然笔锋一转，借钟离意、宋均等言微以见意，便成欲抑先扬之结构，将己之褒贬含蓄带出。
再如被钟惺称之为“余波淋漓，更顿挫有风度”的《窦宪传论》，曰：
卫青、霍去病资强汉之众，连年以事匈奴，国耗太半矣，而猾虏未之胜，后世犹传其良将。岂非以身名自终邪!窦宪率羌胡边难之师，一举而空朔庭，至乃追奔稽落之表，饮马比?之曲，铭石负鼎，荐告清庙。列其功庸，兼茂于前多矣，而后世莫称者，章末衅以降是实也。是以下流，君子所甚恶焉。夫二三子是之不过房幄之间，非复搜扬仄陋，选举而登也。当青病奴仆之时，窦将军念咎之日。乃庸力之不暇，思鸣之晨，何意裂膏腴，享崇号乎?东方朔称“用之则为虎，不用则为鼠”，信矣。以此言之，士有怀琬琰以就煨尘者，亦何可支哉?
欲论窦宪功高盖世而后世莫称，却先从卫青、霍去病连年征匈奴未胜却世传其良将说起，使之形成对比之势，再合论其三者相似之处，皆缘椒房帷幄之恩，将其上升至身为臣子“用之则为虎，不用则为鼠”的悲哀。结构安排抑扬顿挫，波澜起伏，其间潜滋暗涌着对现实用人制度不公的不满与无奈。
关于文章结构之开合，黄庭坚《答洪驹父第二书》曰：“凡作一文，皆须有宗有趣，始终关键，有开有阖，如四渎虽纳百川，或汇而为广泽，汪洋千里，要自发源注海耳。”王葆心在《古文辞通义?文之作法十三》曰：“笔尚变化，似无成法可拘。然阴阳开合，造化之机，为文之道亦岂外是?故虽笔之变化无常，而有一定之开合，其日断、日续，日纵、日擒者，皆得统名之开合。故以一篇之开合言之，或一段反一段正，一段虚一段实，此开合之大者，则局为之也。以一段之开合言之，或时而断时而续，时而纵时而擒，此开合之小者，则笔为之也。笔之所以妙者，惟在熟于开合，使断续纵擒无不如志而已。盖有断与纵者以离而远之；有续与擒者以收而近之，此之谓善于用笔。”也就是说，文章结构之开合包含正反、虚实、断续、擒纵等，开合使文章结构错综变化，摇曳多姿。
所谓正反，就是使矛盾的双方相反相成，各自得到强化，重点在强化现实存在的一面。在六朝论体文中常采用这种结构安排，如鲍敬言在《无君论》中将“曩古之世，无君无臣”理想的社会与“智用巧生，道德既衰”的社会进行对比，君主制度的罪恶乃社会黑暗的根源，其道理不言而明。干宝《晋纪?总论》中将晋之兴与衰对比，突出其衰如山崩，将周与晋对比，探究其衰亡之缘由。以正反对比结构全篇，作为本朝臣子的干宝不必明言晋之所以衰而其因自明。历史人物论中亦不乏此例，尤其是人物比较论，通常就是以正反对比结构全篇。曹植的《周成、汉昭论》、《汉二祖优劣论》均如是，如前者曰：
周公以天下初定，武王既终，而成王尚幼，未能定南面之事，是以推己忠诚，称制假号。二弟流言，邵公疑之，发金滕之匮，然后用寤，亦未决也。至于昭帝所以不疑于霍光，亦缘武帝有遗诏于光。使光若周公践天子之位，行周公之事，吾恐叛者非徒二弟，疑者非徒邵公也。且贤者固不能知圣贤。自其宜耳。昭帝固可不疑霍光，成王自可疑周公也。若以昭帝胜成王，霍光当逾周公耶?若以尧舜为成王，汤禹作管蔡、邵公，周公之不疑，必也。
文仅存这一段，从用人不疑的角度，认为汉昭优于周成。将二者进行对比，再易位假设之，结论自具说服力。
就虚实而言，在论体文中，“非实不足以阐发义理，非虚不足以摇曳神情。故虚实常宜相济也”。在具体运用上，既可以“实者虚之，虚者实之”，又可以“以虚运实”，“以实为虚”，使文章或结实，或空灵，相互融合，达到满幅皆笔迹，到处却又不见笔痕，但觉一片灵气，浮动于纸上的境界。范晔《后汉书》史论颇多虚实结合的佳作，如《东平宪王传论》，沈国元称其“文不必务为深奇，只一开合反复间，若有华岳峙其前，九曲绕其后，引人谛视不已。盖神理优为之也。”论曰：
孔子称“贫而无谄，富而无骄。未若贫而乐，富而好礼者也”。若东平宪王，可谓好礼者也。若其辞至戚，去母后。岂欲苟立名行而忘亲遗义哉!盖位疑则隙生，累近则丧大，斯盖明哲之所为叹息。呜呼!远隙以全忠，释累以成孝，夫岂宪王之志哉?
先引孔子之语，树立评价的标准，然后直接点出东平宪王为好礼者。此为实写。之后针对东平宪王的具体事迹，发表议论，并上升至事理的高度，称“位疑则隙生，累近则丧大”，此为虚，在虚实之间，慨叹远隙以全忠，释累以成孝之难。虚实结合，使文章既建立在史实基础上，又具有理论意义，在实在中充满灵气。
断续指的是笔断而意连，即前文所说的伏脉，魏禧在《魏叔子日录?杂说》中指出：“语不伦而意属者，辟如复冈断岭，望之各成一山，察之皆有脊脉相连。意不属而节属者，辟如一林乱石，原无脉络，而高下疏密，天然位置，可入画图。”他特别强调了语与意之间的关系。擒纵则指笔势之收敛与宕开，二者相反相成，变化多端。
除了上文所言的对比性结构要素外，魏晋南北朝论体文中亦存在其他两极对立的结构要素，如正反、起伏、张弛、顺逆等，实际上这体现了其时文士的思维方式不是单相的，而是双构的，“有民族的集体潜意识和思维模式存焉”。从《周易》的“一阴一阳之谓道”，到《道德经》的“有无相生，难易相成，长短相较，高下相倾”，无不表现出这种双构思维的存在。这种思维方式深刻影响着文章结构，“它们以结构之技呼应着结构之道，以结构之形暗示着结构之神，或者说它们的结构本身也是带有双构性的，以显性的技巧性结构蕴含着深层的哲理性结构，反过来又以深层的哲理性结构贯通着显性的技巧性结构。”这种结构具有动态性，当相反的两极聚会一起时，必然在矛盾碰撞中相互深化，使结构的活力被激发，发挥其对世界意义的把握作用。另外，在两极对立共构中，只要写了其中一极，即使不写另一极，读者也会在心中为其填白，这就是格式塔心理学所言的“完型”，一方面是因为读者思维习惯中的双构之存在，另一方面则是因为这种结构本身产生以一呼二或以二应一的功能。