烟草漂浮育苗是当前国内外较为先进的育苗方法。其设施及环境是病原体的主要来源。为营造一个清洁卫生的育苗环境和管理环境，确保培育出健壮、移栽成活率高的烟苗。漂浮育苗播种前必须重点做好以下几项消毒工作：
1.育苗地消毒要严格。方法是先用锄头把杂草锄干净，放到田头地边曝晒几天。以充分利用太阳光杀死部分病虫源，减轻和消灭病虫草害：在苗床地或池上撒适量生石灰或喷打育宝消毒。确保育苗环境清洁干净。
2.育苗池消毒要仔细。用石灰水对砖缝进行浇淋消毒，池底喷打敌百虫防虫；铺上垫膜后育苗池在使用前用32.7％斯美地50毫升，平方米熏蒸48小时以上，或者用30％漂白粉1000倍液进行消毒。
3.育苗盘消毒要彻底。新使用的育苗盘可以不消毒，但使用过的育苗盘一定要消毒。使用过的育苗盘中残留的根系和基质比较容易带病带毒，特别是曾经发生过病毒病的育苗盘中残留的根系和基质。可以用1％～2％的福尔马林或用0.05％～0.1％高锰酸钾液喷洒后，覆盖熏蒸1～2天：也可以用0.05％～0.1％高锰酸钾液浸泡4小时。消毒后，用清水洗净至无气味后方可使用。
4.营养土消毒要充分。每500千克营养土用250毫升(半瓶)斯美地对营养土进行熏蒸消毒。先将营养土平摊在晒场上，约厚5厘米，把50毫升斯美地加入4千克水中，混合均匀后，浇在营养土上，湿透3厘米以上后，再覆一层土；浇同样浓度的斯美地溶液，重复成堆后，再用塑料薄膜将营养土覆盖严实；10天后揭去薄膜，将土推平至5厘米厚，翻晒5天以上，每天翻松2～3次，使药气充分散出，待用。要特别重视营养土的翻晒工作，使熏蒸后的营养土药气充分散尽，以防烧苗。