我国在传统计划经济向市场经济转型的过程中，大部分科研院所的管理模式仍然沿用行政事业单位的管理办法，在人力资源管理过程中出现了许多亟待解决的问题。国家进行科技体制改革以来，到目前为止已有80％的公益类科研院所开始进行分类改革的阶段，但由于科研院所长期以来形成的机构设置不合理，造成对人力资源管理缺乏全面认识，主要体现在以下几个方面：
1 对人力资源管理认识具有局限性。在科研院所中，人们经常把人力资源管理简单的理解为招聘培训、工资福利以及传统的人事管理。缺乏能够知道科研技术人员发展的个人职业生涯规划。
2 缺乏科学评价人力资源开发和激励措施的有效机制，或者虽然机制存在却得不到有效地执行。
3 缺乏具有针对性的人力资源管理机制。科研院所作为技术发展的前沿阵地，对人才队伍有着更高的要求。因此必须从科研人员的特点出发，建立相应有效的激励机制。
科研人员是最为典型的“知识型员工”，这类员工可以团队的分工合作来完成知识创新和自我价值的实现。他们追求工作的个性化、多样化，具有较强的成就动机。他们在工作的同时，也要求科研院所为其提供良好的学习工作环境、光明的发展前景以及更多的尊重与信任，能不断体现自我实现。
对于科研人员在激励原则上，应强调个人激励、团队激励和组织激励相结合。在激励的时间效应上，实行短期激励和长期激励相结合，强调激励手段对员工的长期正效应。在报酬设计上，从传统的时候奖励，转变为从价值创造、价值评价、价值分配的事前、事中、事后三个环节出发的奖励机制。
1 创造欲激励因素与自主性激励因素相结合。科研人员的工作性质具有创造性，对新知识和新技术的创造是一种本能欲望，这种欲望可以转化为知识资本的增值。在此过程中，科研院所给予的外界激励主要是给员工以较大的自主自治权，工作过程、方法、进度由员工自己安排，实行自我管理、自我监督，减少外界的束缚。
2 成就欲激励因素与报酬体系激励因素相结合。科研人员的成就欲是一种精神追求，而报酬是生理层面的需求。在目前，经济报酬是衡量员工价值大小和成就高低的尺度，而在经济报酬到达一定界限的时候，很难再对人起到激励作用。因此要考虑知识型员工精神需求和物质需求的双重激励，不仅要有经济报酬，更应关注科研人员的精神激励，如设计科研人员职业生涯规划，使他们看到自己的发展前景。
3 尊重欲激励因素与群体环境激励因素相结合。尊重需求是比较高层面的激励因素，包括工作地位、社会身份、个人声望等。科研人员受尊重的欲望比一般人更强烈，这与他们受教育程度和职业特点有关，要满足尊重需求即必须有一个和谐的外部环境。科研院所要营造种公平、尊重、理解、信任的和谐氛围。
4 自我发展欲与晋升机制激励因素相结合。科研人员对知识的不断学习，对新技术的不断探索，以期促进自我完善，其目标是为未来职业发展放大下良好的基础。所以科研院所要为科研人员制定套职业发展体系，包括员工职务和职称的晋升制度、员工培训体系以及用人制度。
实现科研人员激励是一个系统性的活动过程，存在于人力资源管理的每一个环节，主要从以下几个方面考虑：
1 工作目标激励。目标是行为的一种诱因，具有诱发、导向的功能，能够激发人的动机。知识型员工有着强烈的创造欲和成就欲，常规的工作对他们没有吸引力，所以要设置适宜的目标，会对他们起到很好的激励作用。在设置目标时一是要难度适宜，如果难度太大，员工会信心不足，不会刺激他们的成就欲。二是建立目标时，要考虑个人目标与组织目标的内在一致性，最大限度对员工起到激励作用。
2 注重员工参与管理。这种方式是指在不同程度上让员工参加组织的决策过程，让员工和管理者处于平等的地位研究和讨论组织中的问题。参与组织管理可以使员工感到上级的信任，感到自己的利益与组织发展密切相关，从而产生强烈的责任感。
3 实行职业生涯规划。知识型员工外在的发展包括晋级、加薪等因素，内在发展是心理品质、知识技能的提高。职业生涯规划要以科研院所发展要素为对象制定，不仅要对科研人员外在发展的目标、政策做出定位，还要对其内在的发展目标、途径做出精心设计。通过科研人员的个性特征、性格倾向性及发展潜能做出科学的调查和分析，使其具有竞争力，更好的协调个人的职业生涯目标与科院院所的发展愿景。
知识经济时代，社会生产力的生产要素都必须以人为载体，科研院所参与市场竞争，归根到底市人力资源的竞争，所以科研院所的管理必须从“以物为中心”转向“以人为中心”。现代人力资源管理要求组织从用人、育人、留人都要围绕着充分利用“人”这一核心资源而展开，因此最大限度的激发员工潜能成为组织发展的动力。